[发明专利]一种用于高通量测序检测淋巴瘤IG和TCR重排文库的构建方法及其应用

摘要

本发明公开了一种用于高通量测序检测淋巴瘤IG和TCR重排文库的构建方法及其应用。本发明的构建方法针对淋巴瘤IG和TCR重排序列分别进行单管反应，快速完成文库的构建，整个文库构建过程仅需要2～3小时，手动时间仅仅需要15～30分钟即可，结合高通量测序平台可以十分有效的解决目前对于临床上肿瘤疾病中在少量的临床样本基础上需要对基因重排检测这一难点，且成本低廉。

主权项

1.一种用于高通量测序检测淋巴瘤IG和TCR重排文库的构建方法，其特征在于：包括如下步骤：(1)设计一第一基本扩增引物组和一第二基本扩增引物组；第一基本扩增引物组包括IGH‑VH1‑FR1、IGH‑VH2‑FR1、IGH‑VH3‑FR1、IGH‑VH4‑FR1、IGH‑VH5‑FR1、IGH‑VH6‑FR1、IGH‑VH1‑FR2、IGH‑VH2‑FR2、IGH‑VH3‑FR2、IGH‑VH4‑FR2、IGH‑VH5‑FR2、IGH‑VH6‑FR2、IGH‑VH7‑FR2、IGH‑VH1‑FR3、IGH‑VH2‑FR3、IGH‑VH3‑FR3、IGH‑VH4‑FR3、IGH‑VH5‑FR3、IGH‑VH6‑FR3、IGH‑VH7‑FR3、IGH‑JH、IGH‑DH1、IGH‑DH2、IGH‑DH3、IGH‑DH4、IGH‑DH5、IGH‑DH6、IGK‑VK1f/6、IGK‑VK2f、IGK‑VK3f、IGK‑VK4、IGK‑VK5、IGK‑VK7、IGK‑INTR、IGK‑JK1‑4、IGK‑JK5和IGK‑Kde，其序列依次如SEQ ID NO 01‑37所示；第二基本扩增引物组包括TCRB‑VB2、TCRB‑VB4、TCRB‑VB5/1、TCRB‑VB6a/11、TCRB‑VB6b/25、TCRB‑VB6c、TCRB‑VB7、TCRB‑VB8a、TCRB‑VB9、TCRB‑VB10、TCRB‑VB11、TCRB‑VB12a/3/13a/15、TCRB‑VB13b、TCRB‑VB13c/12b/14、TCRB‑VB16、TCRB‑VB17、TCRB‑VB18、TCRB‑VB19、TCRB‑VB20、TCRB‑VB21、TCRB‑VB22、TCRB‑VB23/8b、TCRB‑VB24、TCRB‑DB1、TCRB‑DB2、TCRB‑JB1.1、TCRB‑JB1.2、TCRB‑JB1.3、TCRB‑JB1.4、TCRB‑JB1.5、TCRB‑JB1.6、TCRB‑JB2.2、TCRB‑JB2.6、TCRB‑JB2.7、TCRB‑JB2.1、TCRB‑JB2.3、TCRB‑JB2.4、TCRB‑JB2.5、TCRG‑VG1a、TCRG‑VG1b、TCRG‑VG10、TCRG‑VG9、TCRG‑VG11、TCRG‑JG1.1/2.1和TCRG‑JG1.3/2.3，其序列依次如SEQ ID NO 38‑82所示；(2)设计一不对称连接探针组和一不与人类基因组互补的通用引物，该不对称连接探针组包括I11‑BC1‑F、I11‑BC1‑R、I11‑BC2‑F、I11‑BC2‑R、I11‑BC3‑F、I11‑BC3‑R、I11‑BC4‑F、I11‑BC4‑R、I11‑BC5‑F、I11‑BC5‑R、I11‑BC6‑F、I11‑BC6‑R、I11‑BC7‑F、I11‑BC7‑R、I11‑BC8‑F、I11‑BC8‑R、I11‑BC9‑F、I11‑BC9‑R、I11‑BC10‑F、I11‑BC10‑R、I11‑BC11‑F、I11‑BC11‑R、I11‑BC12‑F、I11‑BC12‑R、I11‑BC13‑F、I11‑BC13‑R、I11‑BC14‑F、I11‑BC14‑R、I11‑BC15‑F、I11‑BC15‑R、I11‑BC16‑F和I11‑BC16‑R，其序列依次如SEQ ID NO 83～SEQ ID NO 114所示，上述BC1～16分别表示十六种不同的标签序列；(3)将模板分别与上述第一基本扩增引物组和上述第二基本扩增引物组置于一含有RingCap‑Taq酶的第一PCR反应体系中进行扩增，纯化后获得第一扩增产物和第二扩增产物；(4)将上述不对称连接探针组、通用引物和与第一扩增产物置于含有RingCap‑Taq酶的第二PCR反应体系中进行扩增，同时将上述不对称连接探针组、通用引物和与第二扩增产物置于含有RingCap‑Taq酶的另一第二PCR反应体系中进行扩增，纯化后获得所述用于高通量测序检测淋巴瘤IgG和TCR重排文库；上述RingCap‑Taq酶由Taq酶、DNA连接酶和DNA末端修饰酶组成。