[发明专利]一种基于相似性和低秩矩阵填充的微生物-疾病关系预测方法有效
| 申请号： | 201910173280.9 | 申请日： | 2019-03-07 |
| 公开（公告）号： | CN109920478B | 公开（公告）日： | 2020-12-08 |
| 发明（设计）人： | 王建新;严承;张雅妍;朱粤婕 | 申请（专利权）人： | 中南大学 |
| 主分类号： | G16B20/00 | 分类号： | G16B20/00;G16B40/00 |
| 代理公司： | 长沙市融智专利事务所(普通合伙) 43114 | 代理人： | 杨萍 |
| 地址： | 410083 湖南*** | 国省代码： | 湖南;43 |
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| 摘要： | 本发明公开了一种基于相似性和低秩矩阵填充的微生物‑疾病关系预测方法，首先通过疾病高斯核相似性、疾病表征相似性和疾病功能相似性均值集成方式得到最终的疾病相似性。利用已知的微生物‑疾病关联关系计算微生物的高斯核相似性，再根据微生物的寄生组织信息对高斯核相似性进行调节处理，得到最终的微生物相似性。最终通过已知微生物‑疾病关联关系将微生物相似性网络和疾病相似性网络进行连接，构建一个微生物和疾病的异构网络。根据此异构网络的关联关系矩阵，采用低秩矩阵填充的方法来进行微生物‑疾病关联关系的预测，并在填充之前增加了关联关系初始化处理过程提高了其预测精度。本发明能够有效预测微生物‑疾病关联关系。 | ||
| 搜索关键词： | 一种 基于 相似性 矩阵 填充 微生物 疾病 关系 预测 方法 | ||
【主权项】：
1.一种基于相似性和低秩矩阵填充的微生物‑疾病关系预测方法,其特征在于，包括以下步骤：步骤1：构建疾病功能相似性矩阵Dfunsim、疾病的表征相似性矩阵Dsymsim、疾病高斯核相似性矩阵KGIP,d和微生物高斯核相似性矩阵KGIP,m；步骤2：集成疾病功能相似性矩阵Dfunsim、疾病的表征相似性矩阵Dsymsim和疾病高斯核相似性矩阵KGIP,d，得到最终的疾病相似性矩阵Sd；步骤3：根据微生物寄生组织信息对微生物高斯核相似性矩阵KGIP,m进行调节处理，得到最终的微生物相似性矩阵Sm；步骤4：根据获取微生物相似性矩阵Sm和疾病相似性矩阵Sd对不存在任何已知的关联关系的微生物/疾病的关联关系进行初始化处理；步骤5：利用已知的微生物‑疾病关联关系将微生物相似性网络和疾病相似性网络连接起来构建一个双层的异构网络，基于此异构网络的邻接矩阵利用低秩矩阵填充方法对微生物‑疾病对的关联关系进行预测。
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