[发明专利]基于ITS2鉴定植物物种的方法及设备在审
| 申请号： | 201910335741.8 | 申请日： | 2019-04-24 |
| 公开（公告）号： | CN110111847A | 公开（公告）日： | 2019-08-09 |
| 发明（设计）人： | 宁康;白虹;李洪军 | 申请（专利权）人： | 华中科技大学鄂州工业技术研究院;华中科技大学 |
| 主分类号： | G16B30/10 | 分类号： | G16B30/10;G16B40/00 |
| 代理公司： | 武汉智嘉联合知识产权代理事务所(普通合伙) 42231 | 代理人： | 黄君军 |
| 地址： | 436044 湖北*** | 国省代码： | 湖北;42 |
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| 摘要： | 本发明实施例提供了一种基于ITS2鉴定植物物种的方法及设备。其中，所述方法包括：获取待鉴定植物的分类学信息和ITS2序列，并分解为处理用文件，提取所述处理用文件中的ITS2序列和物种注释，采用隐马尔科夫模型，对位置不明确的ITS2序列进行定位，并去除包含三个以上一分子含氮碱基的ITS2序列，得到预处理数据；对所述预处理数据进行聚类，并对聚类后的数据进行除错，得到最终数据，采用所述最终数据中的ITS2序列和物种注释构建数据库，并对所述数据库中的ITS2序列进行比对，完成对植物物种的鉴定。本发明实施例提供的基于ITS2鉴定植物物种的方法及设备，能够以较为严格和完整的植物物种鉴定流程，通过高通量测序技术，实现对植物物种的精确鉴定。 | ||
| 搜索关键词： | 鉴定植物 物种 植物物种 预处理数据 最终数据 聚类 数据库 高通量测序技术 隐马尔科夫模型 含氮碱基 比对 除错 构建 去除 分解 | ||
【主权项】：
1.一种基于ITS2鉴定植物物种的方法，其特征在于，包括：获取待鉴定植物的分类学信息和ITS2序列，并分解为处理用文件，提取所述处理用文件中的ITS2序列和物种注释，采用隐马尔科夫模型，对位置不明确的ITS2序列进行定位，并去除包含三个以上一分子含氮碱基的ITS2序列，得到预处理数据；对所述预处理数据进行聚类，并对聚类后的数据进行除错，得到最终数据，采用所述最终数据中的ITS2序列和物种注释构建数据库，并对所述数据库中的ITS2序列进行比对，完成对植物物种的鉴定。
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