[发明专利]一种基于比较基因组学的转座子插入多态TIP分子标记的挖掘方法有效
| 申请号： | 201910384029.7 | 申请日： | 2019-05-09 |
| 公开（公告）号： | CN110257481B | 公开（公告）日： | 2023-07-28 |
| 发明（设计）人： | 陈才;宋成义;王宵燕;高波;沈丹;王赛赛;王亚丽;李奎 | 申请（专利权）人： | 扬州大学 |
| 主分类号： | C12Q1/6809 | 分类号： | C12Q1/6809 |
| 代理公司： | 南京纵横知识产权代理有限公司 32224 | 代理人： | 薛海霞;董建林 |
| 地址： | 225009 *** | 国省代码： | 江苏;32 |
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| 摘要： | 本发明公开了一种基于比较基因组学的转座子插入多态TIP分子标记的挖掘方法，包括以下步骤：（1）选取目标基因或待研究的基因组片段为参考序列。（2）将参考序列在NCBI的WGS数据库中猪的基因组测序数据进行Blast比对，获取不同品种基因组中的同源序列，并对上述序列进行手动校对和拼接。（3）根据猪转座子数据对参考序列和拼接序列进行转座子注释以及多序列比对。（4）挑选序列间存在的超过100个碱基且对应转座子的Indel位点，作为候选TIP位点。（5）以不同品种的池DNA为模板进行PCR扩增检测，选取带型清楚且存在多态性的TIP位点。该方法可以迅速找到目标区域或基因中便于检测、结果清晰易判断的分子标记。 | ||
| 搜索关键词： | 一种 基于 比较 基因组 座子 插入 tip 分子 标记 挖掘 方法 | ||
【主权项】：
1.一种基于比较基因组学的转座子插入多态（TIP）分子标记的挖掘方法，其特征是，包括以下步骤：（1）选取目标基因或待研究的基因组片段为参考序列；（2）将步骤（1）中的参考序列在NCBI中与WGS数据库中猪的基因组测序数据进行Blast比对，获取3个以上不同品种基因组中同源的序列，并对上述不同品种同源序列进行手动校对和拼接得到拼接序列；（3）根据猪转座子数据对步骤（1）中的参考序列和步骤（2）得到的拼接序列进行转座子注释以及多序列比对；（4）根据步骤（3）转座子注释结果和多序列比对结果挑选序列间存在的长度为0.1‑11kb且对应转座子的结构变异位点，作为候选TIP位点；（5）根据步骤（4）筛选出的候选TIP位点设计引物，并以不同品种的池DNA为模板进行PCR扩增检测，选取带型清楚且存在多态性的TIP位点，获得TIP分子标记。
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