[发明专利]sam文件flag标签定位T-DNA插入位点的方法有效
| 申请号： | 201910461340.7 | 申请日： | 2019-05-30 |
| 公开（公告）号： | CN110349624B | 公开（公告）日： | 2021-09-21 |
| 发明（设计）人： | 程文;丁照华;王志武;赵素娴;卢增斌;尹昌果 | 申请（专利权）人： | 山东省农业科学院玉米研究所 |
| 主分类号： | G16B20/30 | 分类号： | G16B20/30;G16B30/10 |
| 代理公司： | 北京一格知识产权代理事务所(普通合伙) 11316 | 代理人： | 韩后良 |
| 地址： | 250000*** | 国省代码： | 山东;37 |
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| 摘要： | 本发明属于生物技术领域，公开了一种sam文件flag标签快速定位T‑DNA插入位点的方法，准备样品；进行全基因组重测序；根据测序结果获得去接头的clean_data；将测序结果与转基因载体序列比对；根据比对的结果文件的flag标签，去除完全比对以及不能比对到载体上的序列，同时去除多次比对的标签；提取筛选后的flag标签值的readsID以及序列；将获得的序列与拟南芥基因组进行序列比对。本发明根据比对结果，去除能够完全比对到拟南芥基因组上的序列；对剩余的reads序列进行筛选，获得插入位点；对插入位点中的假阳性值进行剔除，获得最终的插入位点。 | ||
| 搜索关键词： | sam 文件 flag 标签 定位 dna 插入 方法 | ||
【主权项】：
1.一种sam文件flag标签快速定位T‑DNA插入位点的方法，其特征在于，所述sam文件flag标签快速定位T‑DNA插入位点的方法，包括以下步骤：步骤一，准备拟南芥T‑DNA插入的样品；步骤二，进行全基因组重测序；步骤三，根据测序结果获得去接头的clean_data；步骤四，将上述测序结果与转基因载体序列比对；步骤五，根据比对的结果文件的flag标签，去除完全比对以及不能比对到载体上的序列，同时去除多次比对的标签；步骤六，提取筛选后的flag标签值的readsID以及序列；步骤七，将获得的序列与拟南芥基因组进行序列比对；步骤八，根据比对结果，去除能够完全比对到拟南芥基因组上的序列；步骤九，对剩余的reads序列进行筛选，分别与转基因载体序列和拟南芥基因组序列比对，获得插入位点；步骤十，插入位点中的假阳性值进行剔除，获得最终的插入位点；步骤十一，提取插入位点所在的reads序列。
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