[发明专利]基于MeanDiff值预测突变对RNA二级结构影响程度的方法及相关设备在审
| 申请号： | 201910484574.3 | 申请日： | 2019-06-05 |
| 公开（公告）号： | CN110299186A | 公开（公告）日： | 2019-10-01 |
| 发明（设计）人： | 何馥男;苏志熙 | 申请（专利权）人： | 复旦大学 |
| 主分类号： | G16B25/10 | 分类号： | G16B25/10;G16B35/00;G16B5/00;G16B20/50 |
| 代理公司： | 杭州恒翌专利代理事务所(特殊普通合伙) 33298 | 代理人： | 王从友 |
| 地址： | 200433 *** | 国省代码： | 上海;31 |
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| 摘要： | 本发明提供了基于MeanDiff值预测突变对RNA二级结构影响程度的方法及相关设备。本发明还提供了预测癌症基因组中富含或缺失riboSNitch元件的方法。本发明也提供了名为SNIPER的软件，能够用于预测riboSNitch并识别肿瘤中富含或缺失riboSNitch的非编码元件。 | ||
| 搜索关键词： | 预测 富含 突变 非编码 基因组 肿瘤 癌症 | ||
【主权项】：
1.一种基于MeanDiff值预测突变对RNA二级结构影响程度的方法，包括：用MeanDiff值的计算方程式来计算癌症序列和对应的正常序列之间的碱基对配对概率的差异，所述MeanDiff值的计算方程式为：![]()
其中k是转录物中突变的位置，w是窗口大小，BPPref,i和BPPalt,i分别代表参考序列和突变序列的第i个碱基对概率，i的取值范围是[k‑w,k+w]；将所有突变的MeanDiff值从大到小排序，MeanDiff值越大，预测该突变对RNA二级结构影响程度越大。
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