[发明专利]蛋白质与小分子结合位点预测方法、预测装置有效
| 申请号： | 201910492586.0 | 申请日： | 2019-06-06 |
| 公开（公告）号： | CN110223730B | 公开（公告）日： | 2022-09-27 |
| 发明（设计）人： | 王伟;李克亮;张仕光;吕贺贺;赵远 | 申请（专利权）人： | 河南师范大学 |
| 主分类号： | G16B20/30 | 分类号： | G16B20/30 |
| 代理公司： | 郑州睿信知识产权代理有限公司 41119 | 代理人： | 牛爱周 |
| 地址： | 453007 *** | 国省代码： | 河南;41 |
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| 摘要： | 本发明涉及蛋白质与小分子结合位点预测方法、预测装置，属于小分子结合蛋白结合位点预测技术领域。本发明中提出了新的蛋白质与小分子结合位点预测方法，该方法中使用滑动采样窗口法提取数据；蛋白质结合作用会受到结合残基周围环境影响，因此采用采样窗口法提取数据来表征中心位置的残基的特征，具有更好的表征效果；在使用提取的特征构建XGBoost分类模型后，分类模型具有更好的预测效果，能够更准确的预测蛋白与小分子的结合位点。 | ||
| 搜索关键词： | 蛋白质 分子 结合 预测 方法 装置 | ||
【主权项】：
1.蛋白质与小分子结合位点预测方法，其特征在于：包括如下步骤：1）从蛋白质类数据库中提取能够与小分子相互作用的小分子结合蛋白数据集；使用滑动采样窗口法提取小分子结合蛋白残基对应特征矩阵，窗口中心位置的残基如果是结合位点，则采样窗口所提取的矩阵是正集；窗口中心位置的残基如果是非结合位点，则采样窗口所提取的矩阵是负集；2）将小分子结合蛋白残基对应特征矩阵转化为一维向量，构建分类模型；3）将待测蛋白质对应特征输入所述的分类模型中，对待测蛋白质的结合位点进行预测。
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