[发明专利]液滴单细胞转录组测序数据降噪方法、装置和存储介质有效
| 申请号： | 201910537037.0 | 申请日： | 2019-06-20 |
| 公开（公告）号： | CN110415767B | 公开（公告）日： | 2022-04-22 |
| 发明（设计）人： | 古槿;郭文博;王东方;王事成;刘昌毅 | 申请（专利权）人： | 清华大学 |
| 主分类号： | G16B30/00 | 分类号： | G16B30/00;G16B45/00 |
| 代理公司： | 北京华进京联知识产权代理有限公司 11606 | 代理人： | 黄易 |
| 地址： | 100084*** | 国省代码： | 北京;11 |
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| 摘要： | 本申请涉及一种液滴单细胞转录组测序数据降噪方法、装置、计算机设备和存储介质，首先通过Cell Ranger对液滴进行估计，得到待过滤液滴集合，即Cell Ranger认为包含细胞的液滴的集合，然后根据预设过滤阈值过滤所述待过滤液滴集合中的液滴，实现对细胞质量的控制，这可以降低通过Cell Ranger流程得到的液滴中包含的质量较差的细胞、‘假细胞’、单液滴多细胞等对后续数据分析的影响，之后根据液滴的mRNAs分子的污染分析结果对待规范液滴集合进行基因过滤，得到规范化的液滴集合，完成对液滴单细胞转录组测序数据的规范化处理，这可以去掉与研究问题无关的基因，液滴单细胞测序后续数据分析过程中干扰变量因素的影响。 | ||
| 搜索关键词： | 单细胞 转录 序数 据降噪 方法 装置 存储 介质 | ||
【主权项】：
1.一种液滴单细胞转录组测序数据降噪方法，其特征在于，所述方法包括：通过Cell Ranger对液滴进行估计，得到待过滤液滴集合，其中，所述待过滤液滴集合中的待过滤液滴为所述Cell Ranger的估计结果为包含细胞的液滴；根据预设过滤阈值过滤所述待过滤液滴集合中的待过滤液滴，得到待规范液滴集合，其中，所述预设过滤阈值根据分析所述待过滤液滴的UMI数目、所述待过滤液滴的基因数目、所述待过滤液滴的线粒体基因、所述待过滤液滴的核糖体基因以及受细胞分离影响基因占比中的一个或多个的分析结果设置；根据液滴的mRNAs分子的污染分析结果对待规范液滴集合中待规范液滴进行基因过滤，得到规范化的液滴集合，其中，所述规范化的液滴集合用于数据分析。
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