[发明专利]芸香科多物种密码子使用模式分析方法和系统有效
| 申请号： | 201910580198.8 | 申请日： | 2019-06-28 |
| 公开（公告）号： | CN110400604B | 公开（公告）日： | 2021-10-08 |
| 发明（设计）人： | 万晓华;申泽南;张法;张金智;甘志猛 | 申请（专利权）人： | 中国科学院计算技术研究所 |
| 主分类号： | G16B30/00 | 分类号： | G16B30/00 |
| 代理公司： | 北京律诚同业知识产权代理有限公司 11006 | 代理人： | 祁建国;梁挥 |
| 地址： | 100080 北*** | 国省代码： | 北京;11 |
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| 摘要： | 本发明涉及一种芸香科多物种的密码子使用模式分析方法，包括：通过芸香科的多个物种的基因数据，获取每个该物种的密码子序列；提取该密码子序列的第一特征值，以该第一特征值的关系验证该多个物种的进化关系；提取该密码子序列的第二特征值，以该第二特征值绘制特征关系图，以验证该多个物种的进化保守性程度；提取该密码子序列中的高频密码子/密码子对，以该高频密码子/密码子对的关系验证该多个物种的进化保守性相关度；将该密码子序列的密码子RSCU值与植物物种的密码子RSCU值进行聚类，以聚类结果验证该多个物种的所属纲目；获取该密码子序列GC3含量之间的欧式距离，以验证该多个物种的亲缘关系。 | ||
| 搜索关键词： | 芸香 物种 密码子 使用 模式 分析 方法 系统 | ||
【主权项】：
1.一种芸香科多物种的密码子使用模式分析方法，其特征在于，包括：通过芸香科的多个物种的基因数据，获取每个该物种的密码子序列；提取该密码子序列的第一特征值，以该第一特征值的关系验证该多个物种的进化关系；该第一特征值包括该密码子序列的GC含量；提取该密码子序列的第二特征值，以该第二特征值绘制特征关系图，以验证该多个物种的进化保守性程度；该第二特征值包括该密码子序列的GC12平均值、GC3平均值、GC3s平均值和ENC平均值；提取该密码子序列中的高频密码子/密码子对，以该高频密码子/密码子对的关系验证该多个物种的进化保守性相关度；将该密码子序列的密码子RSCU值与植物物种的密码子RSCU值进行聚类，以聚类结果验证该多个物种的所属纲目；获取该密码子序列GC3含量之间的欧式距离，以验证该多个物种的亲缘关系。
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