[发明专利]基于全基因组序列挖掘目标基因序列的分析工具及应用在审
| 申请号： | 201910586422.4 | 申请日： | 2019-07-01 |
| 公开（公告）号： | CN110310699A | 公开（公告）日： | 2019-10-08 |
| 发明（设计）人： | 肖宁;李爱宏;戴正元;周长海;刘广青;潘存红;李育红;吴云雨;余玲;王志平;蔡跃;黄年生;季红娟;张小祥 | 申请（专利权）人： | 江苏里下河地区农业科学研究所 |
| 主分类号： | G16B20/20 | 分类号： | G16B20/20;G16B40/00 |
| 代理公司： | 南京天华专利代理有限责任公司 32218 | 代理人： | 徐冬涛;莫英妍 |
| 地址： | 225009 江*** | 国省代码： | 江苏;32 |
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| 摘要： | 本发明涉及一种利用Perl语言编写的可供Linux环境下运行的基于全基因组序列挖掘目标基因序列的分析工具进行检测分析的方法及其应用，实现从全基因组水平上，利用多个亲本材料的全基因序列开展目标基因的变异位点、变异类型分析，并获得目标基因在亲本材料中的同源序列。该分析工具及分析方法能够自动完成目标区间搜索、序列比对以及功能变异类型分析工作，不需要其他任何物种基因组注释结果作为参考，具有较高的通用性，并且可以支持2,000个亲本基因组的分析，可广泛应用于作物基因组中的目标基因序列分析，为分子育种提供简便快捷的序列多态性分析工具和策略。 | ||
| 搜索关键词： | 分析工具 目标基因序列 全基因组序列 目标基因 亲本材料 分析 基因组 应用 全基因组水平 全基因序列 物种基因组 序列多态性 变异类型 变异位点 分子育种 功能变异 检测分析 目标区间 同源序列 序列比对 注释结果 自动完成 挖掘 亲本 搜索 参考 | ||
【主权项】：
1.一种基于全基因组序列挖掘目标基因序列的分析工具，其特征在于，包括：参数：‑i：目标基因序列文件名称，‑g：目标基因组合集的路径文本文件名称，‑e：过滤阈值，‑d：待检测基因组区间，‑o：输出的文件名；命令行1：‑g文件格式是每行一个基因组路径；命令行2：‑d指定染色体编号和物理位置；命令行3：‑i为fasta格式文件，要求存放在待检测基因组的相同文件夹中；使用perl命令，执行EXEG.pl脚本程序，并携带参数‑i、‑g、‑e、‑d、‑o。
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