[发明专利]基于MM/PBSA模型的蛋白质-配体结合自由能计算方法有效
| 申请号： | 201910592398.5 | 申请日： | 2019-07-03 |
| 公开（公告）号： | CN110400598B | 公开（公告）日： | 2023-07-11 |
| 发明（设计）人： | 谢良旭;许磊;李峰 | 申请（专利权）人： | 江苏理工学院 |
| 主分类号： | G16B5/00 | 分类号： | G16B5/00;G16B20/00 |
| 代理公司： | 常州佰业腾飞专利代理事务所(普通合伙) 32231 | 代理人： | 滕诣迪 |
| 地址： | 213001 江*** | 国省代码： | 江苏;32 |
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| 摘要： | 本发明提供了一种基于MM/PBSA模型的蛋白质‑配体结合自由能计算方法，包括以下步骤：分别获取蛋白质和配体分子的pdb文件；对蛋白质的pdb文件借助pdb4amber工具进行预处理，删除Amber软件不能读取的氢原子；对配体分子的pdb文件借助antechamber工具，将pdb格式转为mol2文件格式，并且修改原子类型为amber力场的原子类型；借助tleap命令指定配体分子的GAFF力场参数；借助tleap命令采用AMBER99SB‑ILDN分子力场参数，分别生成蛋白质、配体小分子、蛋白质‑配体小分子复合结构的拓扑文件和坐标文件，并在该过程中添加水盒子以及抗衡离子；借助Amber软件对模拟体系进行能量最小化、升温和分子动力学模拟；借助MMPBSA.py程序对上一步骤中的分子动力学模拟轨迹进行基于分子力学‑玻尔兹曼泊松表面积模型的结合自由能计算。 | ||
| 搜索关键词： | 基于 mm pbsa 模型 蛋白质 结合 自由能 计算方法 | ||
【主权项】：
1.一种基于MM/PBSA模型的蛋白质‑配体结合自由能计算方法，其特征在于，包括以下步骤：S1，分别获取蛋白质的pdb文件和配体分子的pdb文件S2，对蛋白质的pdb文件借助pdb4amber工具进行预处理，删除Amber软件不能读取的氢原子；S3，对配体分子的pdb文件借助antechamber工具，将pdb格式转为mol2文件格式，并且修改原子类型为amber力场的原子类型；S4，借助tleap命令指定配体分子的GAFF力场参数；S5，借助tleap命令采用AMBER99SB‑ILDN分子力场参数，分别生成蛋白质、配体小分子、蛋白质‑配体小分子复合结构的拓扑文件和坐标文件，并在该过程中添加水盒子以及抗衡离子；S6，借助Amber软件对模拟体系进行能量最小化、升温和分子动力学模拟；S7，借助MMPBSA.py程序对步骤S6中的分子动力学模拟轨迹进行基于分子力学‑玻尔兹曼泊松表面积模型的结合自由能计算。
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