[发明专利]与水牛产奶性状相关的QTL及其筛选方法和应用

摘要

本发明公开与水牛产奶性状相关的QTL及其筛选方法和应用。与水牛产奶性状相关的QTL的筛选方法，具体步骤：样本采集及基因分型、群体遗传分析、选择信号鉴定和水牛产奶性状相关的QTL鉴定。筛选出11_Block2、12_Block2、16_Block1和19_Block5等4个含有最高显著性SNP的QTL；应用11‑Block2中H1H3、H3H4或H1H2，12_Block2中H2H2，16_Block1中H2H2，16_Block1中H1H4，19_Block5中H2H4进行判定和选育具有优良产奶性状的水牛。本发明为选育具有优良产奶性能的奶水牛提供技术支撑，是一种新的辅助检测水牛产奶性状的新方法。

主权项

1.与水牛产奶性状相关QTL的筛选方法，其特征在于，具体筛选步骤如下：(1)样本采集及基因分型：对122头水牛进行血样样本采集，同时收集来自Colli et al.(2018)报道的74头水牛的基因型数据；针对122头水牛的血样样本采用Buffalo Genotyping Array进行水牛个体的基因分型；针对所有个体的基因型数据，采用plink软件进行SNP质控，其中满足以下选择阈值的个体将被排除：minor allele frequency(MAF)≤0.05，SNP call rate≤95％，individual call rate≤95％；(2)群体遗传分析：1)群体结构分析：用EIGENSOFT软件进行水牛群体主成分分析，MEGA7软件构建系统发育进化树，结合ADMIXTURE软件进行群体结构分析，以判定研究群体间的分层情况；2)连锁不平衡分析：根据上一步的群体结构分析结果，可将研究水牛群体分为两个组；针对每组，用PopLDdecay软件进行连锁不平衡衰减分析，探究水牛群体的遗传多样性和变异情况；3)连续性纯合片段(ROH)分析：用detectRUNS R包对河流型和沼泽型水牛组样本进行ROH分析，分析的主要参数如下：windowSize＝15，threshold＝0.05，minSNP＝20，and minDensity＝1/50000.F_ROH值的计算公式如下：(3)选择信号鉴定：用hapFLK软件针对高产奶和低产奶的两个群体进行选择信号分析，FDR<0.01阈值作为判定比较组之间选择信号显著的标准；(4)水牛产奶性状相关的QTL鉴定：a、收集489头地中海水牛的基因型和表型数据；b、HaploView软件可视化连锁的分子标记，利用PHASE软件构建个体的单倍型；c、用SAS9.4软件分析QTL与水牛产奶性状之间的关联性；关联分析的模型如下：Y_ijklm＝μ+H_l+Y_i+S_k+P_j+B_m+e_ijklm，其中，Y_ijklm＝性状观察值，μ＝平均数，H_l＝牛场固定效应(4牛场)，Y_i＝年份固定效应，Sk＝季节固定效应(2季节)，P_j＝胎次固定效应(8个胎次水平)，B_m＝单倍型的固定效应，e_ijklm＝残差。