[发明专利]一种化学分子式拼接方法

摘要

本发明公开了一种化学分子式拼接方法，即把两个带有拼接位点的化学分子式拼接为一个化学分子式，其中带拼接位点的分子式是试剂分子脱去固定基团得到的。在通过大量试剂分子进行化合物合成的应用场景下，分子式拼接是一个不可缺少的环节。本发明在原子、化学键的图结构上实现分子式的拼接过程，操作灵活性强，适用于对于多种情形的拼接，如拼接成环状结构，用不同的标号记录拼接前的位点，找到对应位点依次拼接即可。

主权项

1.一种化学分子式拼接方法，其特征在于，用于对两个带位点的化学分子式smi1和smi2进行拼接，将分子式中要拼接的位置即位点记为[Ri],i＝0,1…N，[Ri]对应于某一反应类型，N为反应类型的总数，拼接过程如下：(1)读入化学分子式smi1和smi2，分别转换为表示分子的图数据结构mol1和mol2。读入时对位点[Ri]标记进行特殊处理，记录它在分子中的原子序号IDX和反应类型标号i，并定义一个重金属映射表，将每个位点[Ri]映射到一个不会在拼接前和拼接后的分子式中出现的重金属原子；将原子序号IDX、反应类型标号i和分子式中所有[Ri]映射后的重金属原子分别保存到mol1和mol2的数据结构中。(2)将mol2与mol1的数据结构相加得到mol3。(3)在mol3中找到相同标号i的位点对记为p，q，分别找到它们相连的原子ATOMp和ATOMq，在ATOMp和ATOMq之间新增一个原子键，将ATOMp和ATOMq相连，并将p，q删除，同时删除与p，q相连的化学键，实现smi1和smi2的拼接。(4)返回步骤3，在剩余的原子中寻找相同标号i的位点对，直到没有匹配的位点对。(5)将mol3转换为Canonical SMILES格式的分子式smi3，查询步骤1中定义的重金属映射表，如果smi3中有该表中的重金属原子，将它替换为对应的[Ri]。