[发明专利]基于格局加权的IBD矩阵计算方法

摘要

本发明公开了基于格局加权的IBD矩阵计算方法。本发明根据大家族、多位点、低缺失率的基因型数据特点，提出利用联合条件概率来衡量单体型格局出现的可能性大小，引入横向和纵向控制参数，采取有界深度优先和分支定界的搜索策略，建立基于多个可能单体型格局的家族个体间在染色体指定位点的加权IBD计算方法。

主权项

1.基于格局加权的IBD矩阵计算方法，其特征在于：对于单个单体型格局，利用递归算法计算家族成员间在某一指定位点的IBD矩阵，基于观测数据D，个体i从双亲x继承的等位基因与祖先j从双亲y继承的等位基因在QTL上的IBD概率为：其中和分别是等位基因与x的父本等位基因和母本等位基因的IBD概率，和是个体i分别从双亲x等位基因和继承等位基因的概率，这样，家族中任意两个个体i和j(i>j)在一个假定QTL d处的IBD概率为：基于原始大家族缺失数据，可以得到一个与原始数据相吻合的单体型格局集，基于其中任何一个而忽略其他单体型格局得到的IBD矩阵都不准确，因此采用对单体型格局加权的策略来计算最终的IBD矩阵：其中hc_i是单体型格局集中的单体型格局，是基于家族数据D单体型格局的IBD矩阵，pr(hc_i|D)是给定观测家族数据D条件下单体型格局hc_i出现的概率，只取联合条件概率最大的前n_s个单体型格局进行计算，每个单体型格局用于计算的权值也做了相应的处理。