[发明专利]一种批量提取基因组基因信息并翻译比对分析序列的方法有效
| 申请号： | 201910684539.6 | 申请日： | 2019-07-26 |
| 公开（公告）号： | CN110534157B | 公开（公告）日： | 2023-07-25 |
| 发明（设计）人： | 郭月;刘静;胡茂龙;浦惠明;张洁夫;龙卫华;张维;周晓婴;孙程明 | 申请（专利权）人： | 江苏省农业科学院 |
| 主分类号： | G16B30/10 | 分类号： | G16B30/10;G16B20/30;G16B25/10 |
| 代理公司： | 北京德崇智捷知识产权代理有限公司 11467 | 代理人： | 俞文斌 |
| 地址： | 210014 江*** | 国省代码： | 江苏;32 |
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| 摘要： | 本发明公开了一种批量提取基因组基因信息并翻译比对分析序列的方法。本发明所提供的批量提取基因组基因信息并翻译比对分析序列的方法综合运用了基于多序列比对分析的MUSCLE程序，并结合多个Perl脚本语言编程的方法。实验证明，本发明所提供的批量提取基因组基因信息并翻译比对分析序列的方法比较系统，能够完成目标基因序列和转录本序列的提取、目标基因或转录本的基因组关键信息获取、DNA序列翻译以及翻译后序列的多重比较，获取各相关结果文件的重复效果好，速度快，易实现批量化、自动化和流程化。 | ||
| 搜索关键词： | 一种 批量 提取 基因组 基因 信息 翻译 分析 序列 方法 | ||
【主权项】：
1.一种批量提取基因组基因信息并翻译比对分析序列的方法，其特征在于，将某一物种的转录本ID或者基因ID，依据供试基因组cds文件、蛋白质文件、gff文件和染色体fasta文件信息，通过6个perl脚本程序，实现目标转录本或基因在基因组上的位置、长度、正反义链结构信息的提取，并在染色体fasta文件上提取该转录本或基因的cds或基因序列，在基因组蛋白文件上提取该转录本的蛋白质序列；最后对所需cds序列进行翻译，或者直接用所获的蛋白质序列，调用Linux系统程序完成蛋白质的多序列比对工作。/n
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