[发明专利]一种基于多模态构象空间采样的蛋白质结构预测方法有效
| 申请号： | 201910793325.2 | 申请日： | 2019-08-27 |
| 公开（公告）号： | CN110718267B | 公开（公告）日： | 2021-04-06 |
| 发明（设计）人： | 张贵军;赵凯龙;刘俊;彭春祥;周晓根 | 申请（专利权）人： | 浙江工业大学 |
| 主分类号： | G16B15/20 | 分类号： | G16B15/20 |
| 代理公司： | 杭州斯可睿专利事务所有限公司 33241 | 代理人： | 王利强 |
| 地址： | 310014 浙江省*** | 国省代码： | 浙江;33 |
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| 摘要： | 一种基于多模态构象空间采样的蛋白质结构预测方法，设计了一种新的相似度评判指标，使用接触图对两个结构的整体拓扑相似度进行打分，忽略局部结构的一些微小差异，旨在从全局结构评判相似性，从而更精确的对种群进性划分。得到种群个体相似度得分矩阵后采用N‑1阶近邻方法确定K值，N‑1阶近邻方法通过分析群体个体间的N‑1阶最短近邻距离来计算种群的全局分布,并利用阶跃信息自动确定K值，弥补K‑均值聚类算法的缺陷，从而有效的把种群划分为多个模态，求解出多个可能的最优解。 | ||
| 搜索关键词： | 一种 基于 多模态 构象 空间 采样 蛋白质 结构 预测 方法 | ||
【主权项】：
1.一种基于多模态构象空间采样的蛋白质结构预测方法，其特征在于，所述方法包括以下步骤：/n1)输入预测蛋白质的序列信息，读取序列长度L；设置参数：种群规模N，迭代次数G，阈值ε；/n2)根据目标蛋白序列信息，利用Robetta构建片段库；/n3)迭代Rosetta第一、二阶段，生成具有N个个体的初始种群/n
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