[发明专利]基于无拼接组装WGS数据的醋酸钙—鲍曼不动杆菌复合群鉴定方法有效
| 申请号： | 201910890592.1 | 申请日： | 2019-09-20 |
| 公开（公告）号： | CN110600083B | 公开（公告）日： | 2020-05-19 |
| 发明（设计）人： | 靳远;岳俊杰;周江林;任洪广;梁龙;黄志松;周静;胡明达;彭小川;王玉洁;张琪;孔娜 | 申请（专利权）人： | 中国人民解放军军事科学院军事医学研究院 |
| 主分类号： | G16B50/00 | 分类号： | G16B50/00;G16B40/00 |
| 代理公司： | 北京纪凯知识产权代理有限公司 11245 | 代理人： | 张立娜 |
| 地址： | 100071*** | 国省代码： | 北京;11 |
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| 摘要： | 本发明公开了基于无拼接组装WGS数据的醋酸钙—鲍曼不动杆菌复合群鉴定方法。本发明提供了一种基于无拼接组装WGS数据对待鉴定菌进行种属鉴定的方法。本发明的基本原理是通过建立一个完整的菌种基因组指纹特征数据库，然后将待鉴定菌株的WGS测序reads直接打散为片段序列，通过和特征指纹数据库的各菌种进行比较打分，从而实现复合群菌种的鉴定。本发明方法不需要对测序reads进行组装，因而非常简单快捷，利用了全基因组的信息，另一方面由于本发明构建了包含2279种的细菌指纹特征数据库，不仅可以用于鉴定醋酸钙—鲍曼不动杆菌复合群中菌种，同样可适用于其它复合群菌种或其它菌种的鉴定。 | ||
| 搜索关键词： | 基于 拼接 组装 wgs 数据 醋酸 不动 杆菌 复合 鉴定 方法 | ||
【主权项】：
1.一种基于无拼接组装WGS数据对待鉴定菌进行种属鉴定的方法，包括如下步骤：/n(A)从菌基因组数据库中获取全部已测序的菌全基因组数据，建立菌株基因组信息和菌株分类学信息之间的关系；/n(B)按照如下步骤构建菌种指纹特征数据库：/n(b1)针对步骤(A)获得的每株菌的全基因组核酸序列，均以核酸序列长度为k、步长为1对全基因组核酸序列进行切分，切分后序列重复的片段只保留一个，将所得片段集合称为集合A；每个菌株得到一个所述集合A；组成所述集合A的片段称为片段A；/n(b2)将四种碱基的字母表示分别转换为00、01、10、11这种数字存储，从而使得每个所述片段A都能转换为一个2k位的数字，即0至2
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