[发明专利]一种同时定位两个性状相关基因的方法

摘要

本发明属于分子遗传学和分子育种技术领域，公开了一种利用重组表型分组分析同时定位两个性状相关基因位点的方法，基于基因组重测序或转录组测序的重组表型个体组的分析同时定位两个独立性状相关基因位点，具体为：利用两个性状有差异的亲本构建分离群体，在群体内选择两个性状的表型为不同亲本型的重组表型个体，将其分为两类：一类为性状A为母本型性状B为父本型，另一类为性状A父本型性状B父本型，通过对双亲和这两类个体组的混池或个体的基因组的重测序或转录组测序，计算个体组中双亲不同的SNP所对应的确定亲本型的SNP频率的差值，实现同时定位两个性状相关的基因位点。

主权项

1.一种同时定位两个目标性状相关基因的方法，其特征在于：基于常规基因组重测序或转录组测序技术，对来自双亲杂交后自交形成分离群体中重组表型个体分组测序分析，同时定位两个独立性状相关基因，具体步骤包括：/n(1)亲本的选择与杂交：选择两个亲缘关系较远，遗传多态性较大的两个纯合品种或品系材料作为亲本，双亲间差异性状越多越好，构建杂交组合；/n(2)分离群体的构建和选择：双亲杂交后，自交、强制自交或回交后自交形成分离群体；/n(3)重组表型个体的选择与分组：同时关注两个独立目标性状，分离群体中选取两个性状表型值以接近父母本的为极端表型个体，将分离群体中的极端表型个体根据两个性状的表型可以分为：两性状的表型均与某一亲本一致的亲本表型个体和两性状的表型为不同亲本型的重组表型个体；其中两个性状的表型为不同亲本型的重组表型个体又可以分为两类：一类为性状A为母本型&性状B为父本型，即AmBf组，另一类为性状A为父本型&性状B为母本型，即AfBm组；将AmBf组和AfBm组作为极端性状个体的两个重组表型个体组混池；/n(4)SNP和InDel突变位点的获取：对双亲及两个重组表型个体组混池分别进行基因组重测序或转录组测序，或个体分别进行基因组重测序或转录组测序，利用双亲和混池测序获得的clean reads与参考基因组分别进行比对，获取与参考基因组的单核苷酸多态性位点(简称SNP)和插入缺失突变位点(简称InDel)变异；将分析到的所有双亲与参考基因组不同的SNP抽出，挑选在两个亲本中纯合，但在两个亲本间基因型不同的SNP用于后续的SNP_Index计算；/n(5)重组表型组混池SNP_index及混池间ΔSNP_index的计算，进行性状相关位点的定位：通过与参考基因组的比对，选用在亲本中纯合，但双亲间基因型不同的SNP用于计算SNP标记的基因型频率即：SNP_index，此时的SNP有两种基因型：母本型SNP