[发明专利]一种丹顶鹤SNP标记及其筛选方法和应用有效
| 申请号： | 201911068399.6 | 申请日： | 2019-11-04 |
| 公开（公告）号： | CN110669846B | 公开（公告）日： | 2020-11-13 |
| 发明（设计）人： | 刘宏毅;徐楠;张清正;陈奕凝;张家铭 | 申请（专利权）人： | 南京林业大学 |
| 主分类号： | C12Q1/6888 | 分类号： | C12Q1/6888;C12Q1/6809 |
| 代理公司： | 南京申云知识产权代理事务所(普通合伙) 32274 | 代理人： | 邱兴天 |
| 地址： | 210037 江*** | 国省代码： | 江苏;32 |
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| 摘要： | 本发明公开了一种丹顶鹤SNP标记及其筛选方法和应用，属于分子生物学技术领域。本发明通过采集10个丹顶鹤的血液样品，提取基因组DNA，利用GBS‑seq方法对所述基因组DNA进行GBS文库构建及测序，采用SAMTOOLS软件进行群体SNP的检测，挑取72个适合设计引物的SNP，根据所述SNP序列设计出相应的引物对，采集另外30个丹顶鹤的基因组DNA并应用上述的引物对进行PCR扩增和测序，最后筛选获得33个高质量的公共SNP位点。作为丹顶鹤的分子标记的33个SNP位点，可以在辅助繁殖，遗传多样性研究，基于SNP的关联分析，以及用于资源鉴定与分类等方面进行应用，对丹顶鹤种群管理具有重要应用价值。 | ||
| 搜索关键词： | 一种 丹顶鹤 snp 标记 及其 筛选 方法 应用 | ||
【主权项】：
1.一种丹顶鹤SNP标记的筛选方法，其特征在于，具体步骤如下：/n1)采集多个丹顶鹤的血液样品，提取基因组DNA；/n2)应用限制性内切酶对步骤1)获得的基因组DNA进行酶切，再加上接头，然后对每个样品进行扩增，随后对样品进行混合，选择片段进行文库构建；利用Illumina HiSeq测序平台，进行双末端测序，对测序获得的原始数据进行数据统计及质量检测，获得待分析序列；/n3)采用软件SAMTOOLS对步骤2)获得的待分析序列进行群体SNP的检测，获取SNP序列，再通过比对获取公共SNP序列，根据所获SNP位点设计出相应的引物对，然后使用所设计的引物对对另外采集和提取到的多个丹顶鹤的DNA进行PCR扩增和测序，根据测序结果挑选出33个公共SNP位点，所述33个公共SNP位点的引物对如下所示：/n
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