[发明专利]一种LncRNA和环境因素关联关系的高效预测方法在审
| 申请号： | 201911151918.5 | 申请日： | 2019-11-22 |
| 公开（公告）号： | CN110942803A | 公开（公告）日： | 2020-03-31 |
| 发明（设计）人： | 邝祝芳;汪茄琪;韩跟伟;马志豪 | 申请（专利权）人： | 中南林业科技大学 |
| 主分类号： | G16B15/00 | 分类号： | G16B15/00 |
| 代理公司： | 暂无信息 | 代理人： | 暂无信息 |
| 地址： | 410004 湖南*** | 国省代码： | 湖南;43 |
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| 摘要： | 本发明公开一种LncRNA和环境因素关联关系的高效预测方法，主要包括以下步骤：1、下载数据集，得到LncRNA和环境因素(EF)的列表，和二者关联关系的关联矩阵A；然后分别计算出LncRNA和EF的高斯相互作用属性核相似矩阵KL、KE。2、计算EF之间的化学结构相似性矩阵E。3、将KL进行逻辑斯蒂函数转换，得到相似矩阵SL；且利用E和KE构建EF的相似矩阵SE。4、融合A、SL和SE构建一个全局异构网络G；利用重启随机游走计算扩散特征，并使用奇异值分解降维。5、计算lncRNA‑EF对的Hetesim得分。6、结合扩散特征和HeteSim得分得到特征数据集并用于训练梯度提升树分类器去预测LncRNA‑EF的关联关系。7、使用10折交叉验证方法对提出的方法进行验证。应用本发明预测LncRNA和EF关联关系的精度高。 | ||
| 搜索关键词： | 一种 lncrna 环境 因素 关联 关系 高效 预测 方法 | ||
【主权项】：
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