[发明专利]一种基于Hadoop的基因组索引构建的分布式并行计算方法有效
| 申请号： | 201911281411.1 | 申请日： | 2019-12-13 |
| 公开（公告）号： | CN111028897B | 公开（公告）日： | 2023-06-20 |
| 发明（设计）人： | 冯晓龙;高静 | 申请（专利权）人： | 内蒙古农业大学 |
| 主分类号： | G16C20/90 | 分类号： | G16C20/90;G06F16/182 |
| 代理公司： | 成都信博专利代理有限责任公司 51200 | 代理人： | 王沙沙 |
| 地址： | 010010 内蒙古自*** | 国省代码： | 内蒙古;15 |
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| 摘要： | 本发明公开了一种基于Hadoop的基因组索引构建的分布式并行计算方法，包括以下步骤：步骤1：数据输入，将区间起止索引值作为输入数据；步骤2：Map映射，每个Map任务接收一个区间段的起止索引值，Map映射对索引范围内的每个索引代表的基因组后缀计算k‑mer值；步骤3：数据分区，采用数据分区算法根据k‑mer值将健值对分为与Reduce任务数量相同的多个数据分区；步骤4：数据混洗，将k‑mer值相同的键值对合并；步骤5：数据规约，对每个k‑mer值相同的数据集合进行局部排序；步骤6：任务清理，按数据分区的顺序依次合并Reduce的输出文件；本发明基于Hadoop平台实现了基因组索引构建的分布式并行计算，在分布式集群上将基因组索引构建的耗时大幅缩短，速度高于同配置集群上其他方法。 | ||
| 搜索关键词： | 一种 基于 hadoop 基因组 索引 构建 分布式 并行 计算方法 | ||
【主权项】：
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