[发明专利]一种用于异构集群环境中的自由能微扰计算调度方法在审
| 申请号： | 202010116568.5 | 申请日： | 2020-02-25 |
| 公开（公告）号： | CN111341391A | 公开（公告）日： | 2020-06-26 |
| 发明（设计）人： | 刘增辉;何咪;杨明俊;赖力鹏;马健;温书豪 | 申请（专利权）人： | 深圳晶泰科技有限公司 |
| 主分类号： | G16C20/50 | 分类号： | G16C20/50;G16C10/00 |
| 代理公司： | 深圳市科吉华烽知识产权事务所(普通合伙) 44248 | 代理人： | 胡吉科 |
| 地址： | 518000 广东省深圳市*** | 国省代码： | 广东;44 |
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| 摘要： | 本发明提供一种用于异构集群环境中的自由能微扰计算调度方法，包括以下步骤：步骤A:通过预先构造好的分子/蛋白质等结构和输入文件，先进行npt系综动力学模拟过程，获得平衡态的结构；步骤B:运行基于哈密顿量的副本交换动力学计算，获得足够多的轨迹数据；步骤C:解析轨迹文件，再与各种prmtop组合,生成新的amber计算输入，计算组合后的每个构象对应的单点能;步骤D:使用正则表达式提取log文件中的能量数值，同时清理中间临时文件，完成单个分子的计算过程。本发明的方法配置灵活，可以同时处理多个分子的自由能计算，使用者需要简单地写好配置文档，通过配置生成运行时脚本，按照设定好的流程自动执行，也可指定某几步部分计算，计算解耦性好。 | ||
| 搜索关键词： | 一种 用于 集群 环境 中的 自由能 计算 调度 方法 | ||
【主权项】：
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