[发明专利]一种基于k-mer算法的引物设计方法及系统有效

专利信息
申请号: 202010167423.8 申请日: 2020-03-11
公开(公告)号: CN111326210B 公开(公告)日: 2023-07-14
发明(设计)人: 邓晔;吴悦妮 申请(专利权)人: 中国科学院生态环境研究中心;中国科学院大学
主分类号: G16B15/00 分类号: G16B15/00;G16B30/00;G16B50/00
代理公司: 北京风雅颂专利代理有限公司 11403 代理人: 张拥
地址: 100085*** 国省代码: 北京;11
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摘要: 发明提供一种基于k‑mer算法的引物设计方法及系统,该方法包括:构建功能基因核酸序列数据库,将数据库中的核酸序列分别切割为k‑mers;按照k‑mer出现频次从高到低选择若干k‑mers,作为引物备选k‑mers;将引物备选k‑mers中的overlap>x的k‑mers进行合并,再在合并后的引物备选k‑mers中按照频次从高到低选择多条k‑mers作为初步引物;在覆盖度>1%的k‑mers中搜索与每条初步引物存在一个碱基之差的k‑mers,并将搜索到的k‑mers与相应初步引物以简并碱基的形式合并,得到简并引物;对简并引物分别进行基本信息评价并计算全部简并引物两两配对后的扩增产物长度,根据基本信息评价结果和扩增产物长度筛选成对引物;该方法能够避开序列比对的繁琐步骤,大大提升了引物设计时间,且设计引物具有更高的覆盖度。
搜索关键词: 一种 基于 mer 算法 引物 设计 方法 系统
【主权项】:
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