[发明专利]一种基于ADMIXTURE-MCP模型估计水产动物基因组品种组成的新方法有效
| 申请号： | 202010189230.2 | 申请日： | 2020-03-17 |
| 公开（公告）号： | CN111354417B | 公开（公告）日： | 2022-03-11 |
| 发明（设计）人： | 王扬帆;任强;倪萍;胡晓丽;黄晓婷;邢强;焦文倩;张玲玲;王师;胡景杰;包振民 | 申请（专利权）人： | 中国海洋大学 |
| 主分类号： | G16B20/20 | 分类号： | G16B20/20;G16B35/20 |
| 代理公司： | 青岛博展利华知识产权代理事务所(普通合伙) 37287 | 代理人： | 杨春雷 |
| 地址： | 266071 *** | 国省代码： | 山东;37 |
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| 摘要： | 本发明提供一种基于ADMIXTURE‑MCP模型估计水产动物基因组品种组成的新方法，属于水产动物品种组成领域，方法包括步骤：获得未知品种水产动物基因组SNP标记数据；对参考水产动物进行筛选；估计水产动物基因组品种组成。针对以往的ADMIXTURE模型对不同种扇贝的相似基因序列产生小分量的问题，本发明使用稀疏优化方法产生稀疏解来降低传统模型由基因相似性而产生的估计GBC噪音。我们发现传统L1范数约束模型产生的稀疏解不稳定，虽然可以减少ADMIXTURE小分量的问题，但估计GBC组成与真实GBC组成往往会发较大偏离。为了克服传统算法使用L1范数约束导致严重GBC估计偏差的缺陷，本发明提出使用非凸函数MCP约束来替代L1范数约束，其能够在减少GBC噪声同时，更能产生更接近无偏估计GBC结果。 | ||
| 搜索关键词： | 一种 基于 admixture mcp 模型 估计 水产 动物 基因组 品种 组成 新方法 | ||
【主权项】：
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