[发明专利]从fastq文件分离出样本read数据的优化方法有效
| 申请号： | 202010442647.5 | 申请日： | 2020-05-22 |
| 公开（公告）号： | CN111767255B | 公开（公告）日： | 2023-10-13 |
| 发明（设计）人： | 黄俊松;文晋;邵艳军 | 申请（专利权）人： | 北京和瑞精湛医学检验实验室有限公司 |
| 主分类号： | G06F16/17 | 分类号： | G06F16/17;G06F16/172;G06F3/06;G06F9/50 |
| 代理公司： | 北京华专卓海知识产权代理事务所(普通合伙) 11664 | 代理人： | 李巨智 |
| 地址： | 102206 北京市昌平区生命科*** | 国省代码： | 北京;11 |
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| 摘要： | 本发明的实施例提供了一种从fastq文件分离出样本read数据的优化方法，包括通过并发加载包含多个样本的fastq文件，构造read数据并输出；解析出barcode对，识别所述read数据的所属样本，并将所述read数据插入其所属样本的read缓存；将所述read缓存中的read数据写入对应样本的输出fastq文件中。以此方式，利用并行的工作方式，多个线程同时协同作用，提升了作业效率；同时采用优化定义的read存储结构，减少了每条read数据在其生命期内的字符串拷贝和重串联的次数；应用read缓存技术，极大减少了系统锁的调用次数，以及对线程安全队列和文件系统写数据接口的操作次数，降低操作系统负载，达到快速从fastq文件中分离出样本read数据的目的。 | ||
| 搜索关键词： | fastq 文件 分离 样本 read 数据 优化 方法 | ||
【主权项】：
暂无信息
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