[发明专利]一种快速将fastq文件均匀分片的方法有效
| 申请号： | 202010443814.8 | 申请日： | 2020-05-22 |
| 公开（公告）号： | CN111782609B | 公开（公告）日： | 2023-10-13 |
| 发明（设计）人： | 黄俊松;文晋;邵艳军 | 申请（专利权）人： | 北京和瑞精湛医学检验实验室有限公司 |
| 主分类号： | G06F16/17 | 分类号： | G06F16/17;G06F3/06;G06F9/50 |
| 代理公司： | 北京华专卓海知识产权代理事务所(普通合伙) 11664 | 代理人： | 李巨智 |
| 地址： | 102206 北京市昌平区生命科*** | 国省代码： | 北京;11 |
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| 摘要： | 本发明提供了一种快速将fastq文件均匀分片的方法，包括通过两个线程并发加载fastq文件，构造read数据并输出；设置若干个分片，根据均匀分片算法将所述read数据分配到对应分片的分片缓存；通过异步分片线程池中的异步分片线程，将所述分片缓存中的read数据写入对应分片的输出fastq文件中。本发明利用并行的工作方式，多个线程同时协同作用，提升了作业效率；设计均匀分片算法，在分片过程中实时高效地计算read数据属于哪个分片，避免传统方法中需要完整遍历fastq文件来统计read总个数的过程，节省程序的耗时；应用分片缓存技术，极大减少了系统锁的调用次数以及对线程安全队列和文件系统写数据接口的操作次数，降低操作系统负载，实现快速将fastq文件均匀分片的目的。 | ||
| 搜索关键词： | 一种 快速 fastq 文件 均匀 分片 方法 | ||
【主权项】：
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