[发明专利]一种整数线性规划优化贝叶斯网络的上位性位点挖掘方法在审
申请号: | 202010592324.4 | 申请日: | 2020-06-24 |
公开(公告)号: | CN111833964A | 公开(公告)日: | 2020-10-27 |
发明(设计)人: | 刘建晓;杨轩;杨晨;雷继萌 | 申请(专利权)人: | 华中农业大学 |
主分类号: | G16B20/20 | 分类号: | G16B20/20;G16B40/00;G16B5/20;G06N7/00 |
代理公司: | 湖北武汉永嘉专利代理有限公司 42102 | 代理人: | 崔友明 |
地址: | 430070 湖*** | 国省代码: | 湖北;42 |
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摘要: | 本发明涉及一种整数线性规划优化贝叶斯网络的上位性位点挖掘方法,包括S1‑S4四个步骤。首先使用条件互信息计算,并经过扩张、收缩和检查一致性三个阶段,得到每个节点的马尔科夫毯,将每个节点的马尔科夫毯作为其候选父节点集,构建每个节点的所有子结构。然后利用可分解的贝叶斯网络打分函数α‑BIC,求得每个子结构的分数。利用可分解贝叶斯网络打分函数的性质,删除一些子结构,得到每个节点筛选后的候选父集及其贝叶斯网络打分。最后根据这些候选父集和分数将构建贝叶斯网络转换成整数线性规划问题,并使用分支定界和割平面两种方法,快速求解得到最高分数的全局最优的包括SNP位点和表型性状的贝叶斯网络,进而实现更有效、更准确的上位性检测。 | ||
搜索关键词: | 一种 整数 线性规划 优化 贝叶斯 网络 上位 性位点 挖掘 方法 | ||
【主权项】:
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