[发明专利]多任务高阶SNP上位检测方法、系统、存储介质、设备在审
申请号: | 202011315829.2 | 申请日: | 2020-11-22 |
公开(公告)号: | CN112447263A | 公开(公告)日: | 2021-03-05 |
发明(设计)人: | 拓守恒;刘凡;李超 | 申请(专利权)人: | 西安邮电大学 |
主分类号: | G16B20/20 | 分类号: | G16B20/20;G16B50/00 |
代理公司: | 西安长和专利代理有限公司 61227 | 代理人: | 黄伟洪 |
地址: | 710061 陕西省西安*** | 国省代码: | 陕西;61 |
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摘要: | 本发明属于单核苷酸多态性上位检测技术领域,公开了一种多任务高阶SNP(single nucleotide polymorphism)上位检测方法、系统、存储介质、设备,所述多任务高阶SNP上位检测方法利用Plink软件从VCF文件中读取出PED,MAP格式数据,转换位二进制格式文件整理成样本矩阵;根据数据中SNP位点和样本量的大小,设置搜索算法参数;将SNP样本数据读入,开始准备第一阶段搜索;利用多任务、多和声记忆库和声搜索(harmony Search,HS)算法进行高阶SNP上位组合检测。本发明提出一种多任务和声搜索检测方法,采用多个和声记忆库,分别存放不同阶的SNP组合,多任务技术的运用,可以同时进行多个不同阶数的高阶SNP上位探测,促进种群内个体之间的相互学习,增强种群的多样性,进而提升全局搜索能力。 | ||
搜索关键词: | 任务 snp 上位 检测 方法 系统 存储 介质 设备 | ||
【主权项】:
暂无信息
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