[发明专利]基于FPGA的基因序列组装算法计算加速方法有效
| 申请号： | 202011484784.1 | 申请日： | 2020-12-16 |
| 公开（公告）号： | CN113012760B | 公开（公告）日： | 2022-07-05 |
| 发明（设计）人： | 柳星;张敏杰;蔡晨冉;叶晓艺 | 申请（专利权）人： | 武汉理工大学 |
| 主分类号： | G16B30/20 | 分类号： | G16B30/20;G16B30/10;G16B40/00 |
| 代理公司： | 湖北武汉永嘉专利代理有限公司 42102 | 代理人： | 李丹 |
| 地址： | 430070 湖*** | 国省代码： | 湖北;42 |
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| 摘要： | 本发明公开了一种基于FPGA的基因序列组装算法计算加速方法，包括CPU和FPGA的异构计算平台，该方法包括以下步骤：1)过滤阶段，在CPU主机上将查询序列Kmer化得到一系列种子，然后依次寻找所有种子在参考序列区间上的匹配位置，即命中；然后对各个命中区间中种子重叠的碱基数目进行计数，挑选数量大于阈值的位置作为候选位置；2)扩展阶段，通过优化后的Smith‑Waterman算法，以候选位置作为起点开始扩展，通过CPU对矩阵的分块加以控制；FPGA对每个分块矩阵进行运算得到部分回溯路径；3)CPU将这些回溯路径依次进行拼接从而获取完整的回溯路径。本发明采用一种优化后的Smith‑Waterman算法，能大幅提高序列比对的运行速度。 | ||
| 搜索关键词： | 基于 fpga 基因 序列 组装 算法 计算 加速 方法 | ||
【主权项】：
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