[发明专利]一种alpha跨膜蛋白二级与拓扑结构预测方法及系统在审

专利信息
申请号: 202110332960.8 申请日: 2021-03-29
公开(公告)号: CN113012752A 公开(公告)日: 2021-06-22
发明(设计)人: 林关宁;刘喆;王晗 申请(专利权)人: 上海交通大学
主分类号: G16B5/00 分类号: G16B5/00;G16B30/10;G16B40/00;G16B50/00
代理公司: 上海汉声知识产权代理有限公司 31236 代理人: 卫素丹;胡晶
地址: 200240 *** 国省代码: 上海;31
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摘要: 发明涉及计算机技术领域,提供了一种alpha跨膜蛋白二级与拓扑结构预测方法及系统,方法包括:构建深度学习模型:从跨膜蛋白数据库中获取大量的a l pha跨膜蛋白序列作为搭建深度学习模型的数据集,并制作二级结构标签和拓扑结构标签;采用独热编码和HHb l its属性作为输入模型的特征进行特征编码,并对独热编码和HHb l its属性的末尾添加列进行补齐,以适应长度一固定长度的滑窗;针对于a l pha跨膜蛋白序列中的每一个残基,经过滑窗之后,得到一张特征图,每个特征图对应包括二级结构标签和拓扑结构标签在内的两个标签;将新的a l pha跨膜蛋白序列输入深度学习模型,执行数据预处理、特征编码和预测输出。具有能够同时预测a l pha跨膜蛋白的二级结构和拓扑结构的优点。
搜索关键词: 一种 alpha 膜蛋白 二级 拓扑 结构 预测 方法 系统
【主权项】:
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