[发明专利]一种alpha跨膜蛋白二级与拓扑结构预测方法及系统在审
申请号: | 202110332960.8 | 申请日: | 2021-03-29 |
公开(公告)号: | CN113012752A | 公开(公告)日: | 2021-06-22 |
发明(设计)人: | 林关宁;刘喆;王晗 | 申请(专利权)人: | 上海交通大学 |
主分类号: | G16B5/00 | 分类号: | G16B5/00;G16B30/10;G16B40/00;G16B50/00 |
代理公司: | 上海汉声知识产权代理有限公司 31236 | 代理人: | 卫素丹;胡晶 |
地址: | 200240 *** | 国省代码: | 上海;31 |
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摘要: | 本发明涉及计算机技术领域,提供了一种alpha跨膜蛋白二级与拓扑结构预测方法及系统,方法包括:构建深度学习模型:从跨膜蛋白数据库中获取大量的a l pha跨膜蛋白序列作为搭建深度学习模型的数据集,并制作二级结构标签和拓扑结构标签;采用独热编码和HHb l its属性作为输入模型的特征进行特征编码,并对独热编码和HHb l its属性的末尾添加列进行补齐,以适应长度一固定长度的滑窗;针对于a l pha跨膜蛋白序列中的每一个残基,经过滑窗之后,得到一张特征图,每个特征图对应包括二级结构标签和拓扑结构标签在内的两个标签;将新的a l pha跨膜蛋白序列输入深度学习模型,执行数据预处理、特征编码和预测输出。具有能够同时预测a l pha跨膜蛋白的二级结构和拓扑结构的优点。 | ||
搜索关键词: | 一种 alpha 膜蛋白 二级 拓扑 结构 预测 方法 系统 | ||
【主权项】:
暂无信息
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