[发明专利]一种基于circRNA位置信息预测RNA结合蛋白的方法有效
| 申请号： | 202110333465.9 | 申请日： | 2021-03-29 |
| 公开（公告）号： | CN113096729B | 公开（公告）日： | 2022-03-18 |
| 发明（设计）人： | 洪林君;吴珍芳;蔡更元;臧旭鹏;刘德武;李紫聪;顾婷;徐铮;黄思秀 | 申请（专利权）人： | 华南农业大学 |
| 主分类号： | G16B20/30 | 分类号： | G16B20/30;G16B30/00 |
| 代理公司： | 佛山市君创知识产权代理事务所(普通合伙) 44675 | 代理人： | 许菲菲 |
| 地址： | 510640 广*** | 国省代码： | 广东;44 |
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| 摘要： | 本发明涉及基因工程技术领域，特别涉及一种基于circRNA位置信息预测RNA结合蛋白的方法。本发明基于circRNA染色体位置信息，得到circRNA同方向起始位置前100个碱基的染色体位置信息，然后在Linux系统上利用生物信息学软件bedtools获得circRNA同方向前侧位置序列，并进一步得到circRNA同方向前侧位置序列的motif；从已知数据库中下载已知蛋白质的motif的meme格式文件，将其与circRNA同方向前侧位置序列的motif进行比对、匹配，进而得到circRNA的RNA结合蛋白。该方法能够批量预测circRNA的RBP，不受数量和物种的限制。 | ||
| 搜索关键词： | 一种 基于 circrna 位置 信息 预测 rna 结合 蛋白 方法 | ||
【主权项】：
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