[发明专利]基于片段重叠群的单面基因组片段填充方法和装置

摘要

本发明属于基因工程技术领域，提供了一种基于片段重叠群的单面基因组片段填充方法和装置，主要解决了缺失基因填充问题。该方法主要包括以下步骤：基于基因样本序列中各个元素之间组合产生公共邻接的数目不同，将基因元素分为三种类型：n‑Type‑1串、n‑Type‑2串和n‑Type‑3串，其中n为缺失基因串的长度；通过遍历两条基因序列，遍历计算获得缺失基因集合；通过构造二分图寻找1‑Type‑1串的最大匹配，将此类串插入相应位置并将此slot锁定；通过贪婪算法将n‑Type‑1串插入相应位置；合并最大缺失基因串；使用二分图最大匹配策略完成Type‑2串的插入；将所有Type‑3插入，同时保证不能破坏现有的公共邻接。本发明基于片段重叠群进行基因组填充，能够提高填充准确率和完备率，更具有一般性和实用性。