[发明专利]考虑界面信息和相互作用能的蛋白质-DNA结合亲和性预测方法在审
| 申请号： | 202210785327.9 | 申请日： | 2022-06-30 |
| 公开（公告）号： | CN115083515A | 公开（公告）日： | 2022-09-20 |
| 发明（设计）人： | 李春华;杨爽;孙晓晗 | 申请（专利权）人： | 北京工业大学 |
| 主分类号： | G16B15/30 | 分类号： | G16B15/30;G16B30/10;G16B40/00;G16B50/00 |
| 代理公司： | 北京思海天达知识产权代理有限公司 11203 | 代理人： | 张立改 |
| 地址： | 100124 *** | 国省代码： | 北京;11 |
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| 摘要： | 考虑界面信息和相互作用能的蛋白质‑DNA结合亲和性预测方法，属于蛋白质‑DNA相互作用与识别预测技术领域。首先构建训练集和测试集，根据实验结合亲和性数据以及复合物结构PDB ID号，取得340个样本，其中36个作为独立测试集，其余作为训练集；然后按以下三个步骤进行：1：对复合物结构进行分类；2：提取复合物特征；3：使用集成回归模型预测复合物结合亲和性。在此过程种，根据DNA结构类型和蛋白质上结合残基占比对复合物进行分类，并针对每种复合物类型提取各自的最优特征组合；除蛋白质和DNA的序列和结构特征外，加入了界面特征和相互作用能特征。 | ||
| 搜索关键词： | 考虑 界面 信息 相互作用 蛋白质 dna 结合 亲和性 预测 方法 | ||
【主权项】：
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