[发明专利]基于MPI技术的分析大规模第三代测序数据并行比对方法在审
| 申请号： | 202211285893.X | 申请日： | 2022-10-16 |
| 公开（公告）号： | CN115620815A | 公开（公告）日： | 2023-01-17 |
| 发明（设计）人： | 彭绍亮;冉坤;崔英博;王子航 | 申请（专利权）人： | 湖南大学 |
| 主分类号： | G16B30/10 | 分类号： | G16B30/10;G16B50/00;G06F9/50;G06F9/54 |
| 代理公司： | 国防科技大学专利服务中心 43202 | 代理人： | 刘芳 |
| 地址： | 410012 湖*** | 国省代码： | 湖南;43 |
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| 摘要： | 本发明公开了一种基于MPI技术的分析大规模第三代测序数据并行比对方法，包括：S1、启动p个进程，任意选取一个进程作为主进程，并将其余个进程作为从进程；S2、将参考基因组读入所述主进程，并通过minimap2生成参考基因组索引；S3、根据参考基因组索引的值构建数据结构；S4、主进程通过MPI_Bcast函数广播步骤S3中构建的数据结构；S5、所有从进程调用MPI_Bcast函数获取所述主进程广播的数据结构；S6、将所有p个进程进行序列分割，确定所需读取分析的第三代测序数据；S7、通过多级并行对所有进程进行三代测序比对；S8、每个进程将该进程的比对结果异步输入到独立的文件中保存；S9、将不同的文件中所保存的各个进程的比对结果合并。本发明极大的减少了比对时间。 | ||
| 搜索关键词： | 基于 mpi 技术 分析 大规模 第三代 序数 并行 方法 | ||
【主权项】：
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