[发明专利]基于BioBERT与改进Focal loss的药物互作信息提取方法在审

专利信息
申请号: 202310082731.4 申请日: 2023-02-01
公开(公告)号: CN116072306A 公开(公告)日: 2023-05-05
发明(设计)人: 韩惠蕊;李晋 申请(专利权)人: 海南医学院
主分类号: G16H70/40 分类号: G16H70/40;G06F40/30;G06F40/205;G06F16/35
代理公司: 北京汇众通达知识产权代理事务所(普通合伙) 11622 代理人: 杨倩
地址: 571199 海*** 国省代码: 海南;46
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摘要: 发明涉及信息提取技术领域,且公开了基于BioBERT与改进Focal loss的药物互作信息提取方法,该方法使用生物医学语料库预训练的BioBERT模型对文本序列进行预处理,该模型遵循基于R‑BERT的结构,对于有两个标记药物实体e1和e2的句子,通过BioBERT层的标记嵌入、段嵌入和位置嵌入得到语义向量。本发明将生物医学语料库(BioBERT)上预训练的双向编码器表示应用于生物医学文献中的DDI提取。BioBERT得到代表句子中实体的语义向量后,将句子中两个实体的嵌入平均为两个向量,连接第一个token,并通过激活操作通过全连接层。此外,本发明探索了一种改进的focal loss损失函数来处理不平衡数据。在DDIExtraction 2013上进行训练后得出,本发明的性能f值达到了80.45%,与传统交叉熵损失函数的BioBERT方法相比,取得了显著的改进。
搜索关键词: 基于 biobert 改进 focal loss 药物 信息 提取 方法
【主权项】:
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