[发明专利]基于16SrDNA基因种专一序列的临床常见病原菌诊断的生物芯片无效
申请号: | 02136567.9 | 申请日: | 2002-08-19 |
公开(公告)号: | CN1397649A | 公开(公告)日: | 2003-02-19 |
发明(设计)人: | 马伟;郭晓奎;金维荣;赵国屏 | 申请(专利权)人: | 上海华冠生物芯片有限公司 |
主分类号: | C12Q1/68 | 分类号: | C12Q1/68;C12Q1/04 |
代理公司: | 中原信达知识产权代理有限责任公司 | 代理人: | 罗大忱 |
地址: | 201203 上海市张*** | 国省代码: | 上海;31 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 基于 16 srdna 基因 专一 序列 临床 常见 病原菌 诊断 生物芯片 | ||
1.一种基于16S rDNA基因种专一序列的病原菌诊断的生物芯片,包括固相载体,其特征在于包括点载在固相载体上的500-800条寡聚核苷酸片段。
2.根据权利要求1所述的生物芯片,其特征在于所述及的寡聚核苷酸片段为基于病原菌的16S rDNA基因种专一序列,包括呼吸道、消化道及泌尿生殖道临床常见病原菌以及临床样品中常见的非致病菌16SrDNA基因片段。
3.根据权利要求2所述的生物芯片,其特征在于所述及的的寡聚核苷酸片段是通过对所有病原菌的16S rDNA基因序列的比对分析而获得的,每种病原菌获得5-10条该细菌特有的16-20个碱基的候选短序列,经进一步杂交检验后,最终每种病原菌确定4条特有序列,称为“种专一序列”。
4.根据权利要求3所述的生物芯片,其特征在于固相载体的点样品区内分成呼吸道病原菌中专一序列区(201),消化道病原菌中专一序列区(202),泌尿生殖道病原菌的种专一序列区(203),区内病原菌的种专一序列依次排列。
5.根据权利要求2、3或4所述的生物芯片,其特征在于所述及的病原菌包括130种常见病原细菌,分别为46种消化道病原细菌,66种呼吸道病原细菌,20种泌尿生殖道病原细菌。
6.根据权利要求5所述的生物芯片,其特征在于所述及的肠道病原细菌包括:副伤寒沙门氏菌Salmonella paratyphi、薛氏沙门氏菌Salmonella Schottmuelleri、斯坦利沙门氏菌Salmonella Stanley、德尔比沙门氏菌Salmonella Derby、鼠伤寒沙门氏菌Salmonella Typhimurium、海德尔堡沙门氏菌Salmonella Heidelbeg、猪霍乱沙门氏菌SalmonellaHirschfeldii、猪霍乱沙门氏菌Salmonella Choleraesuis、昆氏沙门氏菌Salmonella kunzondolf、汤普森沙门氏菌Salmonella Thompson、波茨坦沙门氏菌Salmonella Potsdam、纽波特沙门氏菌Salmonella Newport、病牛沙门氏菌Salmonella bovis-morbificans、仙台沙门氏菌Salmonellasandai、伤寒沙门氏菌Salmonella typhi、肠炎沙门氏菌Salmonellaenteritidis、都柏林沙门氏菌Salmonella Dublin、鸡沙门氏菌Salmonellagallinarum、鸭沙门氏菌Salmonella anatum、火鸡沙门氏菌Salmonellameleagridi s、纽因吞沙门氏菌Salmonella Newington、森夫顿堡沙门氏菌Salmonella senftenberg、阿柏丁沙门氏菌Salmonella Aberdeen、痢疾志贺氏菌Shigella dysenteriae、弗氏志贺氏菌Shigella flexneri、鲍氏志贺氏菌Shigella boydii、索氏志贺氏菌Shigella sonnei、产肠毒素的大肠杆菌ETEC:enterotoxigenic E.Coli、侵袭肠粘膜的大肠杆菌EIEC:enteroinvasive E.Coli、致肠病的大肠杆菌EPEC:enteropathogenic E.Coli、肠出血性大肠杆菌EHEC:enterohemorrhagic E.Coli、肠聚集性大肠杆菌EaggEC:enteroaggregative E.Coli、霍乱弧菌O1 Vibrio choleraeO1、霍乱弧菌O139 Vibrio cholerae O139、副溶血弧菌Vibrioparahemolyticus、小肠结肠炎耶尔森氏菌Yersinia enterocolitica、空肠弯曲杆菌Campylobacter jejuni、气单胞菌属Aeromonas、邻单胞菌属plesiomonas、产气荚膜梭菌Clostridium perfringens、肉毒梭菌Clostridiumbotulinum、艰难梭菌Clostridium difficile、蜡状芽孢杆菌Bacillus cereus、金黄色葡萄球菌Staphylococcus aureus、单核细胞增生利斯特氏菌Listeriamonocytogenes和拟杆菌Bacteroides;
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