[发明专利]针对表观遗传学上沉默的肿瘤抑制基因的基因组筛选

权利要求书

1.一种鉴定与癌症相关的至少一种表观遗传学沉默基因的方法，包括：

a)在适于核酸分子与阵列上互补的核苷酸序列发生选择性杂交的条件下，将对应于在癌细胞中表达的RNA的核酸分子与代表基因组的核苷酸序列阵列接触，所述的癌细胞与能够重新激活表观遗传学沉默基因的表达的至少一种试剂接触过；和

b)检测来自于与所述的至少一种试剂接触过的癌细胞的核酸分子与所述阵列上一部分核苷酸序列杂交量的增加，

所述增加是相对于在所述条件下对应于在所述癌细胞中表达的RNA的核酸分子与所述的那部分核苷酸序列中的至少一种核苷酸序列的杂交水平，

由此所述的增加的选择性杂交便鉴定出表观遗传学沉默基因的被激活的表达，

这样就鉴定出与所述癌症相关的至少一种表观遗传学沉默基因。

2.权利要求1的方法，其中所述的重新激活表观遗传学沉默基因的表达的试剂包括甲基转移酶抑制剂，组蛋白脱乙酰酶抑制剂，或者它们的组合。

3.权利要求2的方法，其中所述的甲基转移酶抑制剂是5-氮杂-2′-脱氧胞苷。

4.权利要求2的方法，其中所述的组蛋白脱乙酰酶抑制剂是曲古抑菌素A。

5.权利要求1的方法，其中所述的对应于RNA的核酸分子包括cRNA。

6.权利要求1的方法，包括将所述阵列与对应于在癌细胞中表达的RNA的核酸分子接触，所述癌细胞与5-氮杂-2′-脱氧胞苷，曲古抑菌素A，或者它们的组合接触过。

7.权利要求1的方法，其中所述的至少一种表观遗传学沉默基因包括在表2中所列的核酸分子，或者是其组合。

8.权利要求1的方法，其中所述的至少一种表观遗传学沉默基因包括含有载脂蛋白D，神经介肽U，swiprosin-2，Hep27，KIF5C，角蛋白14，转谷氨酰胺酶2，MUC1，白介素-1R2，晶体蛋白α2，含LIM结构域的半胱氨酸富含蛋白(CRIP-1)，Rad，HEM45，KLF6，类卵泡抑素蛋白FLRG，XAP-5，Tbc1d1，细胞周期蛋白G1相互作用蛋白或者是其组合的核酸分子。

9.权利要求1的方法，其中所述的至少一种表观遗传学沉默基因包括载脂蛋白D，神经介肽U，swiprosin-2，细胞因子样因子-1(CLF-1)，CRIP-1，细胞视黄醇结合蛋白，金属硫蛋白1G，角蛋白14，白介素-1受体2，晶体蛋白α2，或者是这些基因的组合。

10.权利要求1的方法，其中所述的至少一种表观遗传学沉默基因包括甲基化沉默基因。

11.权利要求10的方法，其中所述的至少一种甲基化沉默基因包括载脂蛋白D，神经介肽U，CLF-1，CRIP-1，claudin-3，非配对蛋白2，金属硫蛋白1G，转谷氨酰胺酶2，载脂蛋白C1，或者是这些基因的组合。

12.权利要求1的方法，其中所述的至少一种表观遗传学沉默基因包括肿瘤抑制基因。

13.权利要求12的方法，其中所述的肿瘤抑制基因包括载脂蛋白D，神经介肽U，或者是CRIP-1。

14.权利要求12的方法，其中所述的肿瘤抑制基因包括神经介肽B，或者G蛋白信号通路受体2(RGS2)。

15.权利要求1的方法，其中所述癌症是食道鳞片状细胞癌。

16.权利要求1的方法，其中所述癌症是头颈部鳞片状细胞癌。

17.一种鉴定表现出或者将要表现出失控生长的细胞的方法，包括检测在受测细胞中包括列在表2，表5，表6或者其组合中的核酸分子的至少一种基因的表观遗传学沉默，由此确定受测细胞是表现出生长失控的细胞或者将要表现出生长失控的细胞。