[发明专利]一种细菌ATP合酶的结合结构域

权利要求书

1. 分离的突变atpE蛋白，其选自SEQ ID No：2所示的Mtb_R、SEQ ID No：4所示的Msm_R09和SEQ ID No：5所示的Msm_R10。

2.权利要求1的分离的突变atpE蛋白在制备试剂中的用途，其中所述试剂用于鉴别与ATP酶F₀部分相互作用的化合物，并评价它们作为抗微生物化合物的潜力的方法中。

3. 一种评价试验化合物与atpE蛋白相互作用潜力的方法，所述方法包括以下步骤：

--使用分子建模技术以得到权利要求1的蛋白的结合位点的三维结构；

--在所述试验化合物和所述结合位点的三维结构之间使用计算机方法进行契合操作；和

--分析所述契合操作结果，以对所述试验化合物与所述结合位点的三维结构之间的联系进行量化。

4. 权利要求3的方法，其中所述三维结构产生于至少以下氨基酸：一个C亚基的氨基酸Ala²⁴、Gly²⁷、Phe⁵³、Val⁵⁷、Gly⁵⁸、Glu⁶¹、Tyr⁶⁴和Phe⁶⁵以及一个A亚基的氨基酸Ser¹⁸²、Leu¹⁸³、Leu¹⁸⁵和Arg¹⁸⁶，使用表3、4或5中任一个的原子坐标，或者使用同源结构坐标得出，其中同源结构坐标中非氢原子的均方根偏差小于约1.5?。

5. 权利要求3的方法，其中三维结构用以下氨基酸的原子坐标得出：表3、4或5中任一个的A链的Ala²¹、Gly²⁵；表3、4或5中任一个的K链的Ala²⁴、Gly²⁷、Phe⁵³、Phe⁵⁴、Val⁵⁷、Gly⁵⁸、Glu⁶¹、Tyr⁶⁴、Phe⁶⁵；表3、4或5中任一个的L链的Met¹⁷、Gly¹⁹、Gly²⁰、Ala²¹、Ile²²、Gly²³、Ala²⁴、Gly²⁵、Ile²⁶、Gly²⁷、Asp²⁸、Gly²⁹、Ala³¹、Phe⁵³、Thr⁵⁶、Val⁵⁷、Gly⁵⁸、Leu⁵⁹、Val⁶⁰、Glu⁶¹、Ala⁶²、Ala⁶³/Pro⁶³、Tyr⁶⁴、Phe⁶⁵；和表3、4或5中任一个的M链的Ser¹⁸²、Leu¹⁸³、Leu¹⁸⁵、Arg¹⁸⁶。

6. 一种分离的核酸序列，其编码权利要求1的分离的突变atpE蛋白。

7. 一种载体，其包含权利要求6的核酸序列。

8. 一种宿主细胞，其携带权利要求7的载体。

9. 一种体外鉴别抗微生物化合物的方法，所述方法包括：

a)在生理条件下使试验化合物与表达atpE蛋白的细胞相接触，和

b)确定所述试验化合物是否与atpE蛋白相互作用，其中所述的atpE蛋白是权利要求1所述的突变atpE蛋白。