[发明专利]通过化学修饰胞嘧啶而简化微生物核酸的方法

权利要求书

1.一种用于简化微生物基因组或微生物核酸的的方法，包括：

用一种修饰胞嘧啶的试剂处理微生物基因组或核酸以形成衍生微生物核酸；以及

扩增所述衍生微生物核酸以产生所述微生物基因组或核酸的简化形式。

2.根据权利要求1所述的方法，包括在处理所述微生物基因组或核酸之前将微生物RNA转化成DNA。

3.根据权利要求1所述的方法，包括处理微生物RNA以生成一种衍生RNA分子，然后转化所述衍生的RNA以形成衍生的DNA分子。

4.根据权利要求1至3中任一项所述的方法，其中所述微生物基因组或核酸从噬菌体、病毒、类病毒、细菌、真菌、藻类、原生动物、螺旋体、或单细胞生物获得。

5.根据权利要求1至4中任一项所述的方法，其中所述微生物基因组或核酸选自编码蛋白核酸、非编码蛋白核酸、原核生物或单细胞真核微生物的核糖体基因区域。

6.根据权利要求5所述的方法，其中所述核糖体基因区域是原核生物中的16S或23S以及单细胞真核微生物中的18S或28S。

7.根据权利要求1至6中任一项所述的方法，其中所述试剂修饰未甲基化的胞嘧啶。

8.根据权利要求1至7中任一项所述的方法，其中所述试剂选自亚硫酸氢盐、醋酸盐或柠檬酸盐。

9.根据权利要求8所述的方法，其中所述试剂是亚硫酸氢钠。

10.根据权利要求1至9中任一项所述的方法，其中所述试剂将互补双链微生物基因组DNA的每一个链中胞嘧啶修饰为尿嘧啶，形成两个衍生的但非互补的微生物核酸分子。

11.根据权利要求1至10中任一项所述的方法，其中相比于对应的未处理微生物基因组或核酸，所述衍生微生物核酸具有减少的胞嘧啶总数。

12.根据权利要求1至11中任一项所述的方法，其中相比于所述相应未处理的微生物基因组或核酸，所述微生物基因组或核酸的简化形式具有减少的胞嘧啶总数。

13.根据权利要求1至12中任一项所述的方法，其中所述衍生微生物核酸基本上包含碱基腺嘌呤(A)、乌嘌呤(G)、胸腺嘧啶(T)和尿嘧啶(U)并且具有与所述相应未处理的微生物基因组或核酸相同总数的碱基。

14.根据权利要求1至13中任一项所述的方法，其中所述微生物基因组或核酸的简化形式基本上由碱基腺嘌呤(A)、乌嘌呤(G)和胸腺嘧啶(T)构成。

15.根据权利要求1至14中任一项所述的方法，其中通过适当的方式如聚合物链式反应(PCR)、等温扩增或信号扩增来实施。

16.一种用于生产微生物特异核酸分子的方法，包括：

用一种修饰胞嘧啶的试剂处理包含微生物来源的DNA的样品以形成衍生微生物核酸；以及

扩增所述衍生微生物核酸的至少一部分以形成一种简化的核酸分子，其相比于相应未处理的微生物核酸，具有减少的胞嘧啶总数，其中所述简化核酸分子包括对微生物或微生物型特异的核酸序列。

17.根据权利要求16所述的方法，其中所述微生物选自噬菌体、病毒、类病毒、细菌、真菌、藻类、原生动物、螺旋体、或单细胞有机体。

18.根据权利要求16或17所述的方法，其中所述微生物基因组或核酸选自编码蛋白核酸、非编码蛋白核酸、原核生物或单细胞真核微生物的核糖体基因区域。

19.根据权利要求18所述的方法，其中所述核糖体基因区域是原核生物中的16S或23S以及单细胞真核微生物中的18S或28S。

20.根据权利要求16至19中任一项所述的方法，其中所述试剂修饰未甲基化的胞嘧啶。

21.根据权利要求16至20中任一项所述的方法，其中所述试剂选自亚硫酸氢盐、醋酸盐或柠檬酸盐。

22.根据权利要求21所述的方法，其中所述试剂是亚硫酸氢钠。