[发明专利]检测全基因组CpG岛的寡核苷酸芯片及其应用

权利要求书

1.一种检测全基因组CpG岛的寡核苷酸芯片，包括固相载体和探针，其特征在于，所述探针与全基因组中CpG岛及CpG岛上下游2kb区域的核苷酸序列和/或其互补序列进行杂交。

2.如权利要求1所述的寡核苷酸芯片，其特征在于，所述的探针长度为30bp～55bp，Tm值为65℃～70℃，GC含量为50～60％，且每个CpG岛设计6～10条探针。

3.如权利要求1所述的寡核苷酸芯片，其特征在于，所述探针的设计针对包括人类、大鼠、小鼠在内的哺乳动物的全基因组CpG岛及其上下游2kb区域的核苷酸序列。

4.如权利要求1所述的寡核苷酸芯片，其特征在于，所述固相载体选材为玻片、硅片、硝酸纤维素膜、尼龙膜和高分子材料中的一种或它们的任意组合。

5.一种应用权利要求1所述寡核苷酸芯片检测全基因组CpG岛的方法，其特征在于，包括如下步骤：

(1)抽提待测样品核酸；

(2)对步骤(1)抽提的DNA进行纯化；

(3)标记步骤(2)纯化的DNA；

(4)选取权利要求1所述的寡核苷酸芯片，在适于与所选芯片进行杂交的条件下，加入经标记的DNA，并使其反应足够时间；

(5)检测杂交反应结果，以确定待测样品DNA的CpG岛位置。

6.如权利要求5所述的方法，其特征在于，所述步骤(2)中，DNA经纯化后，可按不同的研究目的进行富集，并经片段化处理。

7.如权利要求5所述的方法，其特征在于，步骤(3)所述的标记包括：荧光素标记、生物素标记、荧光共振能量转移标记、放射性元素标记和酶标记。