[发明专利]用于核酸提取和鉴定的方法

说明书

本申请要求于2005年1月21日提交的系列号为60/645,905的 美国临时申请的优先权，将其说明书的全部内容以引用方式结合于 此以供参考。

背景技术

公共卫生部门越来越需要高灵敏度的病毒、细菌、真菌、寄生 虫或细胞基因测定法。用于筛查(例如：血液供给、蚊子体内的虫 媒病毒)、监控(例如：鸟群中的西尼罗病毒)、水分析、感染的诊 断、基于基因的诊断(例如：血友病、乳癌易感性、癌细胞)等的 高通量样品处理，将会非常有益。

血液供给污染致病病毒如人类免疫缺陷病毒(HIV)、甲肝、乙 肝或丙肝病毒、细小病毒、巨细胞病毒和EB病毒(非洲淋巴细胞 瘤病毒)以及细菌感染如莱姆病，已经成为一个越来越严重的问题。 美国食品与药物管理局以及其它部门的普遍意见是：除了血清学试 验外，所有血液均应利用聚合酶链式反应(PCR)分析进行筛查， 或者最终用PCR代替血清学试验。现在认为，筛查血液的传染性病 毒，每年将能防止至少一百个输血相关的乙肝病毒(HBV)、丙肝 病毒(HCV)和HIV病例的发生。

直到最近，血清学试验仍然是筛查血液所选择的方法。这些试 验检测血液中抗体的存在情况，其中抗体针对病毒试剂、病毒抗原、 细菌试剂、细菌抗原等而升高。血清学筛查试验的缺陷在于：如果 机体还没有发动抗体反应，则不能检测感染。

例如，血清学试验常常无法检测在感染的早期阶段检测被感染 个体。另外，表现为低免疫反应的个体一般携带少量病毒。通常， 小量病毒不能刺激抗体产生。这种病毒的一个实例是HIV。由于血 清学试验的这些以及其它实用局限性，因此现在需要无论个体处于 哪个感染阶段均可检测感染的方法。

分离血浆中存在的核酸随后进行PCR扩增，能够在缺乏抗体 的情况下检测致病体。致病体的检测对于确保血液供给无可传染病 原体非常关键。

医疗单位中筛查血液以及相关生物材料，通常是大规模进行 的。血液中心每一天通常检测多达1000或更多单位的血液。利用 目前可用的技术每天从1000份样品中制备分离出来的核酸，需要 相当量的时间、劳力和试剂。因此，由于技术局限性，通常不进行 大规模的个体样品核酸检测。

现在，如果在筛查和监测应用中采用核酸试验，也是用于样品 混合物中。遗憾的是，混合样品降低了试验的灵敏度，如果混合样 品检测为阳性，则延误了最终的诊断。

提取DNA或RNA用于检测通常涉及到采用两种不同的提取方 法。一种方法仅适用于DNA提取；另一种方法则仅适用于RNA提 取。采用DNA提取方法得到很少量RNA，反之亦然。因此，直到 最近，血液筛查仍需要一种方法分离DNA，而需要另一种方法分 离RNA。

因此，需要一种可以高灵敏度提取及纯化DNA和RNA的简单、 有效而可信的方法，这样一种方法对于筛查血液供给特别有用。 该方法对于多种其它应用也非常有益，例如基于基因的诊断、传染 病的监测(例如鸟群中的西尼罗病毒、蚊群中的疟疾)、水分析等。

发明内容

本发明提供了一种用于从样品中提取核酸的方法，满足了上述 需要。所述方法包括：获得包含细胞、病毒、或者既包含细胞又包 含病毒的样品；将含去垢剂的裂解液加入该样品中，从而裂解细胞 或病毒并形成裂解物；向该裂解物中加入一定量足以聚集或沉淀核 酸的醇；以及通过玻璃纤维滤器过滤混合物而从裂解物-醇混合物中 纯化核酸。

在另一个具体实施方式中，本发明提供了一种用于鉴定样品中 病原体的方法。所述方法包括：获得包含细胞、病毒、或者既包含 细胞又包含病毒的样品；将含去垢剂的裂解液加入该样品中，从而 裂解细胞或病毒并形成裂解物；向该裂解物中加入一定量足以聚集 或沉淀核酸的醇；通过玻璃纤维滤器过滤混合物而从裂解物-醇混合 物中纯化核酸；以及分析该核酸，以鉴定病原体。

在另外一个具体实施方式中，本发明提供了一种用于鉴定水样 中的生物污染物的方法。所述方法包括：获得包含细胞、病毒、或 者既包含细胞又包含病毒的水样；将含去垢剂的裂解液加入该样品 中，从而裂解细胞或病毒并形成裂解物；向该裂解物中加入一定量 足以聚集或沉淀核酸的醇；通过玻璃纤维滤器过滤混合物而从裂解 物-醇混合物中纯化核酸；以及分析该核酸，以鉴定污染物。