[发明专利]选择探针扩增

权利要求书

1.一种由核酸样品中分离靶核酸序列的方法，所述方法包括：

(a)由所述样品产生核酸片段；

(b)扩增所述核酸片段；

(c)在促进选择探针和互补于选择探针的扩增核酸片段之间退火的条件下，在单一反应介质中使扩增核酸片段与至少约2,000种不同选择探针接触，其中所述选择探针具有与靶核酸序列互补的序列；

(d)去除未强结合至选择探针的扩增核酸片段；和

(e)由选择探针释放退火的扩增核酸片段，其中所述退火的扩增核酸片段是所述靶核酸序列，由此分离所述靶核酸序列。

2.权利要求1的方法，所述方法还包括基于(e)中释放的靶核酸序列表征核酸样品。

3.权利要求2的方法，其中所述表征通过将靶核酸序列应用于核酸阵列实施。

4.权利要求3的方法，所述方法还包括：

扩增(e)中释放的靶核酸序列；和

标记所述靶核酸序列，之后使它们与所述核酸阵列接触。

5.权利要求4的方法，所述方法还包括在标记前进一步片段化靶核酸片段。

6.权利要求1-5中任一项的方法，其中片段化所述核酸样品产生具有约25个至约2,000个碱基对的平均大小的核酸片段。

7.权利要求6的方法，其中所述核酸片段的平均大小为约500个碱基对。

8.权利要求1-5中任一项的方法，其中在(a)中产生核酸片段时产生的核酸片段所具有的平均大小允许在核酸阵列上测定基因型，而不用进一步片段化。

9.权利要求1-5中任一项的方法，其中扩增核酸片段包括对在(a)中产生的基本所有核酸片段实施聚合酶链反应(PCR)。

10.权利要求1-5中任一项的方法，所述方法还包括在扩增核酸片段之前将连接物连接至核酸片段末端，其中所述连接物包含与用于扩增操作的引物互补的序列。

11.权利要求10的方法，其中所述各连接物均包含相同序列。

12.权利要求10的方法，其中所述连接物包含dsDNA和ssDNA尾。

13.权利要求10的方法，其中未连接至核酸片段末端的过量连接物在扩增核酸片段时用作引物。

14.权利要求10的方法，其中连接连接物包括将所述连接物连接至核酸片段的平端。

15.权利要求1-5中任一项的方法，其中所述选择探针包含利于连接至固体基质的部分。

16.权利要求15的方法，所述方法还包括将选择探针连接至固体基质，其中至少一部分选择探针在操作(c)和(d)之间与扩增的核酸片段退火。

17.权利要求16的方法，其中所述固体基质包含多个珠。

18.权利要求16的方法，其中去除未强结合至选择探针的扩增核酸片段包括清洗固体基质，以去除未结合的核酸片段。

19.权利要求18的方法，其中清洗固体基质包括在由结合的选择探针中去除部分退火的扩增核酸片段的条件下，使固体基质与溶液接触。

20.权利要求1-5中任一项的方法，其中在单一反应介质中使扩增核酸片段与不同选择探针接触包括在单一反应介质中提供至少约50,000种不同选择探针，每种探针均与不同的靶核酸序列互补。

21.权利要求20的方法，其中在单一反应介质中使用的不同选择探针数在约50,000至约10⁷之间。

22.权利要求1-5中任一项的方法，其中在单一反应介质中使扩增核酸片段与不同的选择探针接触包括在所述单一反应介质中使扩增核酸片段与至少约5,000种不同选择探针接触。

23.权利要求22的方法，其中在单一反应介质中使扩增核酸片段与不同的选择探针接触包括在所述单一反应介质中使扩增核酸片段与至少约10,000种不同的选择探针接触。