[发明专利]乳腺癌分类的相关材料和方法

权利要求书

1.预测乳腺癌患者对治疗的响应的方法，该方法包括：基于来自所述患者的乳腺肿瘤样品中的基因集的表达水平为患者给出预测，其中所述基因集包含选自表2的至少10个基因。

2.权利要求1的方法，其中，该基因集包含表2中的至少20个、25个、30个或所有基因。

3.权利要求1或权利要求2的方法，其中，该基因集包含表2a中列出的至少前5个基因。

4.基因集在用于基于获自所述患者的乳腺肿瘤样品中的所述基因集的表达谱来预测乳腺癌患者对治疗的响应中的应用，所述基因集包含选自表2的至少10个基因。

5.权利要求3的应用，其中，该基因集包含表2中的至少20个、25个、30个或所有基因。

6.权利要求4或权利要求5的应用，其中，该基因集包含表2a中列出的至少前5个基因。

7.权利要求1-3中任何一项的方法，其包括下述步骤：

提供代表肿瘤中所述基因集的表达水平的表达谱；

基于表达谱给出患者的预后和/或治疗方案。

8.确定乳腺癌患者的预后和/或治疗方案的方法，所述方法包括下述步骤：

(a)测定基因集在获自所述患者的乳腺肿瘤样品中的表达水平，所述的基因集包含选自表2的至少10个基因；

(b)提供代表肿瘤中所述基因集的表达水平的表达谱；

(c)基于表达谱，给出患者预后和/或治疗方案。

9.权利要求8的方法，其中，步骤(b)包括使获自样品的表达产物与可与所述表达产物相结合的结合成员接触，所述结合成员指示所述基因集的表达水平，其中，这样的结合可被检测。

10.权利要求9的方法，其中，表达产物选自MRNA、cDNA、cRNA或表达的多肽。

11.权利要求9或权利要求10的方法，其中，结合成员是互补的核酸序列或特异性抗体。

12.权利要求9-11中任何一项的方法，其中，表达产物被标记用以检测。

13.权利要求9-11中任何一项的方法，其中，结合成员被标记用以检测。

14.权利要求7-11中任何一项的方法，其中，步骤(c)包括把来自患者的乳腺肿瘤样品的表达谱与先前获得的表达谱和/或先前确定的标准谱进行比较，标准表达谱对特定的预后是特征性的，和/或对预测治疗响应是特征性的。

15.权利要求14的方法，其中，以前获得的谱作为谱数据库被储存。

16.权利要求7-13中任何一项的方法，进一步包括比较治疗前后乳腺肿瘤样品中的基因集的表达水平，以检测表达谱中任何指示改善的预后或恶化的预后的改变。

17.权利要求7-14中任何一项的方法，其中，乳腺肿瘤样品的表达谱已确定该肿瘤为ER+肿瘤亚群。

18.权利要求1的方法，其中，治疗为激素治疗和/或化疗。

19.用于预测乳腺肿瘤样品治疗响应的装置，该装置包括向其上附着了多个结合成员的固相支持物，每个结合成员能够特异并独立地与基因集的一种表达产物相结合，其中，该基因集包含来自表2的至少10个基因。

20.权利要求19的装置，其中，该基因集包含表2的至少20个、25个、30个或所有基因。

21.权利要求19或权利要求20的装置，其中，该基因集包含列于表2a中的至少前5个基因。

22.权利要求19或权利要求20的装置，其中，固相支持物仅附着能够特异并独立地与标识在表2的基因的表达产物相结合的结合成员。

23.权利要求17-22中任何一项的装置，包含核酸微列阵，其中，结合成员是核酸序列。

24.权利要求19-23中任何一项的装置，其中，治疗为激素治疗和/或化疗。

25.权利要求2 4的装置，其中，激素治疗为他莫昔芬。