[发明专利]对双标记序列进行处理和/或基因组定位的方法

权利要求书

1.一种处理双标记核苷酸序列的方法，该双标记序列包括核酸分子、核酸分子片段、或者基因组片段的5’末端标记和3’末端标记，该方法包括建立包括至少一种双标记序列的数据库或文件。

2.根据权利要求1所述的方法，其中，所述双标记序列的数据库或文件是通过从至少一个包括双标记的库的序列中提取双标记序列而建立的。

3.根据权利要求1或2所述的方法，其中，双标记库的每个双标记序列以间隔子核苷酸序列为侧翼，并且通过输入所述间隔子核苷酸序列而从所述库中提取双标记序列。

4.根据权利要求1-3中任意一项所述的方法，其中，所述双标记库包括至少一种两个或两个以上双标记的多联体，所述多联体在5’-3’方向上包括第一个双标记上游侧翼的间隔子、最后一个双标记下游侧翼的间隔子，并且其中每两个相邻双标记被位于它们之间的间隔子间隔开。

5.根据权利要求3或4所述的方法，其中，所述双标记库包括一种或多种间隔子序列，每个间隔子序列具有与其它间隔子序列不同的核苷酸序列。

6.根据权利要求1-5中任意一项所述的方法，该方法包括：

-由双标记库提供核苷酸序列，其中，所述双标记库的每个双标记序列以间隔子核苷酸序列为侧翼；以及

-通过输入所述间隔子核苷酸序列来提取所述双标记序列，以建立双标记的数据库或文件。

7.根据权利要求1-6中任意一项所述的方法，其中，通过输入下列参数来提取所述双标记序列：

-至少一种间隔子核苷酸序列；

-最小的双标记碱基对数目，其中，该数目为选自32-38范围内的数；以及

-最大的双标记碱基对数目，其中，该数目为选自36-42范围内的数。

8.根据权利要求7所述的方法，其中，所述最小的双标记碱基对数目为34和/或所述最大的双标记碱基对数目为40。

9.根据权利要求1-8中任意一项所述的方法，其中，所述双标记序列包括基因、外显子、部分基因组、或者它们的片段的转录本的5’末端标记和3’末端标记。

10.根据权利要求1-9中任意一项所述的方法，其中，所述双标记序列包括全长cDNA的5’末端标记和3’末端标记。

11.根据权利要求1-10中任意一项所述的方法，其中，所述双标记序列包括至少为16个碱基对的5’末端标记和至少为14个碱基对的3’末端标记。

12.根据权利要求1-11中任意一项所述的方法，其中，该方法还包括对所述数据库或文件的双标记序列进行质量控制检查。

13.根据权利要求1-12中任意一项所述的方法，其中，该方法用于将双标记核苷酸序列定位于基因组，该方法包括：

-建立包括至少一种双标记序列的数据库或文件；以及

-将至少一种双标记序列定位于基因组，包括将双标记序列的5’和3’末端标记匹配到基因组的至少一部分。

14.根据权利要求13所述的方法，其中，双标记库的每个双标记序列以间隔子核苷酸序列为侧翼，并且通过输入所述间隔子核苷酸序列而从所述库中提取所述双标记序列。

15.根据权利要求1-14中任意一项所述的方法，其中，通过输入下列参数来提取所述双标记序列：

-至少一种间隔子核苷酸序列；

-最小的双标记碱基对数目，其中，该数目为选自32-38范围内的数；以及

-最大的双标记碱基对数目，其中，该数目为选自36-42范围内的数。

16.根据权利要求13所述的方法，其中，所述定位的步骤还包括在匹配的至少一个5’末端和至少一个3’末端之间沿着基因组序列鉴定至少一个区段；以及鉴定至少一种染色体位置、基因、外显子位置、或者它们的片段。

17.根据权利要求16所述的方法，其中，鉴定出的基因位置为新发现的基因位置。

18.根据权利要求13所述的方法，其中，所述双标记序列的提取和/或基因组定位通过因特网在计算机上执行和/或通过介质支持的因特网执行。