[发明专利]计算机执行的生物序列鉴定系统和方法

权利要求书

1.一种方法，该方法包括：

在查询中，将多个参照序列提交到分类数据库中以产生多个分类结果；

其中，所述参照序列是遗传数据库查询的输出，所述遗传数据库查询 返回每个参照序列的评分；以及

基于所述分类结果报告分类鉴定。

2.根据权利要求1所述的方法，其中，报告所述分类鉴定使用下列基于 标准的步骤之一，步骤的选择是第一步骤，其中所述标准被满足：

当分类结果仅含有单一类别时，则报告该单一类别；

当最高评分与具有第二最高评分的参照序列的评分相比超过了预定的评 分比例阀值时，则报告在多个参照序列中具有最高评分的参照序列的分类结 果；

当所有的分类结果仅含有子代类别和所述子代类别的直接亲代类别时， 则报告所述子代类别；以及

在其他情况中，报告共同的亲代类别。

3.根据权利要求2所述的方法，其中，所述评分比例阀值为约30％。

4.一种方法，该方法包括：

使用多个不同的参照序列两次或更多次进行权利要求1的方法以产生多 个分类鉴定；

其中，对遗传数据库查询的输入是子序列，该子序列与来自目标病原 体的预定原型序列相关；以及

将相同的分类鉴定与相应的原型序列组合在一起。

5.根据权利要求4所述的方法，该方法还包括：

对于相应于所述目标病原体原型序列之一的分类鉴定之一与所述目标病 原体相同，或者是目标病原体的子代，报告每个所述目标病原体作为阳性结 果。

6.根据权利要求5所述的方法，该方法还包括：

报告最终的分类鉴定，其中：

当阳性结果仅含有单一类别，则所述最终的分类鉴定是该单一类别；

当所有的阳性结果仅含有子代类别和所述子代类别的直接亲代类别时， 则所述最终的分类鉴定是该子代类别；或

在其他所有的情况中，所述最终的分类鉴定是共同的亲代类别。

7.根据权利要求1所述的方法，其中，所述方法是计算机执行的。

8.一种设备，该设备包括：

执行权利要求7所述方法的装置。

9.一种处理从检验获得的生物序列的方法，该方法包括：

将位于生物序列中预定位置列表中的碱基响应转化成N；

其中，在预定的位置列表中的每个条目表示物质杂交到用于产生生物 序列的微阵列上的能力；

其中，所述物质不是目标病原体的核酸；以及

确定所述生物序列中相对于参照序列的单核苷酸多态性的比例。

10.根据权利要求9所述的方法，其中，所述物质是PCR引物。

11.根据权利要求9所述的方法，该方法还包括：

当所述单核苷酸多态性的比例低于SNP阈值时，从所述生物序列中选择 起始长度的可能子序列；以及

计算在所述可能的子序列中独特碱基的比例。

12.根据权利要求11所述的方法，其中，所述SNP阈值是大约20％。

13.根据权利要求11所述的方法，该方法还包括：

当所述独特碱基的比例高于独特碱基阈值时，将所述可能的子序列延长 一个碱基；

再次计算在所延长的可能子序列中独特碱基的比例；

重复延长和再次计算，直到独特碱基的比例低于所述独特碱基阈值；

从所延长的可能子序列中去除拖尾的N碱基响应，以形成查询子序列； 以及

计算在所述查询子序列中独特碱基的比例。

14.根据权利要求13所述的方法，其中，所述独特碱基阈值是大约 40％。

15.根据权利要求13所述的方法，其中，当所延长的可能子序列的最后 21个位置具有低于4个独特碱基响应时，则停止重复所述延长和再次计算。