[发明专利]进行微阵列检测的方法

说明书

本发明涉及生物学液体中单个生物化合物的定量和/或定性分析或测 定。具体而言，本发明涉及一种用于进行微阵列检测的改进、廉价而有效 的方法。更具体而言，本发明涉及一种方法，其用于执行来自一个微阵列 检测中一份或多份样品的几种生物化合物的差异标记。

含有一种或多种其他分子的生物样品中的多个特异靶生物化合物(例如 但不限于DNA、RNA或蛋白质)的存在和浓度可以通过使用所谓的微阵列 技术在单个实验中进行测定。在该技术中，一组特异的探针分子被固定化 在一块固相表面的特定位点，之所以选择其中每个特异探针分子是为了与 某个特定靶特异地相互作用。另一方面，靶生物化合物被可检测的分子(例 如荧光团或磁珠)标记。通过将生物样品与所述固相表面接触，靶生物化合 物将会被固定在对应于其特异探针的位点。然后通过定位和测量结合到靶 上的可检测分子所产生的信号强度，分别进行靶生物化合物的检测及其在 生物样品中浓度的测定。

例如WO03/004162公开了该方法，其中一块表面上排列了3不同的 寡核苷酸DNA探针，并与3种不同的互补DNA靶的样品库杂交。靶以荧 光标记物(异硫氰酸荧光素)修饰以允许直接在表面上检测。由于样品接触表 面，特异靶被探针从溶液中俘获到表面，并且以落射荧光显微镜进行检测。 WO03/004162公开了上述一般方法的几种改进之处，例如使用多孔基底以 允许样品通过流过所述基底(任选地可经反复使用抽吸系统)使样品接触探 针。该方法具有显著加固杂交的优点。另外一个改进是使用了用于控制样 品温度的热处理室。由于杂交是温度依赖性的现象，温度控制为例如核酸 分析提供了优点。

但是，该现有技术方法没有提供方法来同时对一份以上样品(例如健康 人血液与患病患者血液)或单次实验中的单份生物样品中存在的两种不同类 型的生物化合物(例如RNA和DNA)执行微阵列技术。这些局限导致了定量 和/或定性分析或测定数种生物液中单个生物化合物和/或属于不同类型生 物化合物的单个生物化合物所需时间大大增加，因此也大大增加了所需成 本。

因此技术领域需要一种改进的、更快速和更有效的方法来同时对一份 以上生物样品或对单个实验中一份生物样品中存在的两种或更多类型的生 物化合物执行微阵列技术。

正如本文所使用，除非另有说明，术语“类型”在应用于靶生物化合物时 系指一组分子结构相关的化合物。本发明涉及的靶生物化合物的例示性类 型包括但不限于DNA生物化合物、RNA生物化合物、多肽、酶、蛋白质 和抗体等。

正如本文所使用，除非另有说明，术语“微阵列”系指一种阵列，其中一 种包含靶生物化合物的样品，优选为生物学液体样品(任选地含有悬浮于其 中的少量固体或胶体颗粒)与一种在其表面上包括多个离散且隔离区域的基 底(例如膜)接触(例如通过)，每个所述区域具有一种施加于其上的探针(例如 通过点样)，而且之所以选择所述每一种探针是因为其与每一类型生物化合 物中最多一个靶生物化合物结合时具有一些特异性，优选地为在严格性条 件下的特异性，优选地为在高度严格性条件下的特异性。正如技术人员所 熟知，结合条件的严格性涉及一系列参数，例如温度、离子浓度和pH。

正如本文所使用，除非另有说明，术语“靶”系指固定作为分析目标或分 析点的分子化合物。它包括分子化合物，例如但不限于核酸和相关化合物(例 如DNA、RNA、寡核苷酸或它们的类似物、PCR产物、基因组DNA、细 菌人工染色体、质粒等)、蛋白质和相关化合物(例如多肽、单克隆抗体、受 体和转录因子等)、抗原、配体、半抗原、糖类和相关化合物(例如多糖和寡 糖等)、细胞器、完整细胞等。

正如本文所使用，除非另有说明，术语“探针”系指被固定到基底表面上 和/或基底内并可与生物样品中的“靶”特异地相互作用的生物物质，其被用 于检测所述特异靶的存在。它包括分子化合物，例如但不限于核酸和相关 化合物(例如DNA、RNA、寡核苷酸或它们的类似物、PCR产物、基因组 DNA、细菌人工染色体和质粒等)、蛋白质和相关化合物(例如多肽、单克隆 抗体、受体和转录因子等)、抗原、配体、半抗原、糖类和相关化合物(例如 多糖和寡糖等)、细胞器和完整细胞等。