[发明专利]检测病原体的方法

权利要求书

1.检测至少一种病原体存在的方法，所述方法包括将来自样品的核酸与包含至少四种探针的集合接触，其中每种所述探针包含与来自病原体的序列互补的、侧接四对或五对互补碱基的序列，其中所述碱基在不与来自病原体的核酸杂交时形成茎结构，其中所述探针用第一相互作用标记和第二相互作用标记进行标记，从而所述探针与来自所述病原体的核酸的杂交引起检测信号的改变。

2.权利要求1所述的方法，其中所述第一相互作用标记和所述第二相互作用标记是FRET供体和FRET受体。

3.权利要求2所述的方法，其中所述FRET受体是猝灭剂。

4.权利要求1到3中任一项所述的方法，其中与来自病原体的序列互补的所述序列在任一端通过连接序列与所述互补碱基对连接。

5.权利要求1到4中任一项所述的方法，其中所述互补碱基对包含C-G对。

6.权利要求5所述的方法，其中所述探针包含序列：

3’-CGCG-F-病原体独特的序列-F’-CGCG-5’，

其中F和F’是任选的连接序列。

7.权利要求1到6中任一项所述的方法，其中探针中病原体独特的序列含有与病原体基因组序列的至少一个错配。

8.权利要求1到7中任一项所述的方法，其中每种所述探针可以与每种其它所述探针的区分开。

9.权利要求1到8中任一项所述的方法，其中每种所述探针附着在固相支持物限定的位置处。

10.权利要求1到9中任一项所述的方法，其中所述探针集合包含至少10个、至少15个或至少20个探针。

11.权利要求1到10中任一项所述的方法，其中所述方法还包括测定双链核酸分子的解链温度，所述双链核酸分子由所述探针之一和得自所述样品的互补核酸形成。

12.权利要求1到11中任一项所述的方法，其中在与所述探针集合接触之前扩增得自样品的所述核酸。

13.权利要求12所述的方法，其中所述扩增使用聚合酶链式反应(PCR)完成。

14.权利要求12或权利要求13的方法，其中持续监测被扩增的核酸的产量。

15.权利要求12到15中任一项所述的方法，其中所述被扩增的核酸在一个扩增循环后与所述探针集合接触。

16.权利要求12到15中任一项所述的方法，其中所述被扩增的核酸在每个扩增循环后与所述探针集合接触。

17.权利要求12到16中任一项所述的方法，其中所述扩增在所述探针集合存在时进行。

18.权利要求12到17中任一项所述的方法，其中所述方法还包括内部对照的扩增。

19.权利要求12到18中任一项所述的方法，其中防止污染核酸的扩增。

20.权利要求19所述的方法，其中通过在尿嘧啶存在时进行扩增来防止所述污染核酸的扩增。

21.权利要求20所述的方法，还包括在扩增前用尿嘧啶-DNA糖基化酶处理所述核酸。

22.权利要求1到21中任一项所述的方法，其中所述样品选自支气管吸出物、尿液、前列腺按摩液、精液、血液和宫颈、外阴、肛门、生殖器、皮肤或喉细胞学样品、刮取物或活组织检查。

23.权利要求1到22中任一项所述的方法，所述方法用于检测与性传播疾病相关的生物。

24.权利要求1到23中任一项所述的方法，所述方法用于检测至少一种HPV基因型的存在。

25.权利要求24所述的方法，所述方法用于检测高危型或低危型HPV基因型。

26.权利要求24或权利要求25所述的方法，其中所述探针集合包含至少一种探针，所述探针包含至少一个选自SEQ ID NO.33到52或SEQ IDNO.105-117的序列。

27.权利要求24到26中任一项所述的方法，其中使用选自SEQ ID NO.1到32的至少一种引物扩增得自所述样品的所述核酸。