[发明专利]坛紫菜种质鉴定的指纹图谱的构建方法及其应用

说明书

技术领域

本发明涉及一种坛紫菜的指纹图谱，尤其是涉及一种坛紫菜种质鉴定的指纹图谱的构建方法及其应用。

背景技术

坛紫菜(Porphyra haitanensis)是我国特有的暖温带性品种，是福建、浙江和广东沿海人工养殖的重要经济红藻，其产量约占全国紫菜总产量的80％。以往紫菜的分类主要是依靠形态学的方法，然而由于大多数形态性状受环境因数影响大，可描述的特征有限，已经很难满足紫菜种质鉴定和良种选育的要求。分子标记技术的出现给这一问题的解决带来了契机，它直接在DNA水平上标记检测基因组的遗传变异，不受发育时期和环境因素的影响，数量丰富且多态性好，已经广泛应用于高等植物的种质鉴定中。

SRAP——相关序列扩增多态性标记是一种新型的分子标记技术，具有多态性高，产率中等，重复性好，操作简单，在基因组中分布均匀，较易对扩增得到的目标片段进行测序，引物具有通用性，而且其正向引物可以与反向引物两两搭配组合，用少量引物即可组配得到多个引物对，从而提高引物的使用效率，降低引物合成成本等诸多优点，已经广泛用于植物遗传多样性分析、指纹图谱构建、种质鉴定以及遗传连锁图谱的绘制(参见文献：Li G，Quiros CF.Sequence-related amplified polymorphism(SRAP)，a new marker system based on a simple PCRreaction：its application to mapping and gene tagging in Brassica.Theor Appl Genet，2001，103：455-461)，但在海藻中的应用至今未见相关报道。

发明内容

本发明的目的在于提供一种快速、准确的坛紫菜种质鉴定的指纹图谱的构建方法及其在实现坛紫菜种质鉴定自动化的应用。

本发明的技术方案是利用一种相关序列扩增多态性标记(Sequence-Related AmplifiedPolymorphism，SRAP)来标记构建坛紫菜的指纹图谱，并利用所构建的指纹图谱实现坛紫菜种质鉴定自动化的方法。

本发明所述的坛紫菜种质鉴定的指纹图谱的构建方法包括以下步骤：

1)收集坛紫菜样品；

2)各样品基因组DNA的提取与纯化；

3)PCR扩增：利用所提取的基因组DNA作为模板，以经过优化的实验体系进行SRAP分子标记分析；

4)选择具有代表性的SRAP多态性条带用于构建各供试样品的DNA指纹图谱；

5)将构建的DNA指纹图谱转化成为计算机可以识别的数码指纹，并输入指纹图谱识别软件中，建立坛紫菜种质的数码指纹库，用于后续的坛紫菜种质鉴定；

6)坛紫菜种质的自动化鉴定。

坛紫菜样品可收集生产或科学研究上具有代表性的坛紫菜品系，例如表1所示的部分生产或科学研究上具有代表性的坛紫菜品系。

表1生产或科学研究上具有代表性的坛紫菜品系