[发明专利]CD147胞外区晶体结构及应用有效
申请号: | 200710018514.X | 申请日: | 2007-08-21 |
公开(公告)号: | CN101139391A | 公开(公告)日: | 2008-03-12 |
发明(设计)人: | 陈志南;余晓玲;朱平;杨滨;杨向民;张征 | 申请(专利权)人: | 陈志南 |
主分类号: | C07K14/705 | 分类号: | C07K14/705;G06F19/00 |
代理公司: | 西安文盛专利代理有限公司 | 代理人: | 彭冬英 |
地址: | 710032陕西省西安市长*** | 国省代码: | 陕西;61 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | cd147 胞外区 晶体结构 应用 | ||
1.一种CD147(HAb18G/CD147、Basigin、EMMPRIN、M6、Neurothelin)胞外区的晶体及模型,其特征在于,该晶体具有正方晶系中的空间群P41212和SEQ ID NO:1中列出的氨基酸序列;所述模型具有符合表1的三维结构。
2.如权利要求1所述的CD147胞外区结晶,其特征在于,该结晶具有四方体形的晶胞,具有晶格常数:a=126.481±0.5%,b=126.481±0.5%,c=169.926±0.5%,α=β=γ=90°,在一个不对称单元有四个分子,一个分子的分子量约20±0.5kD,溶剂含量约70±1%。
3.如权利要求1,CD147胞外区晶体的三维空间结构特点:CD147胞外区晶体结构揭示其胞外区由两个Ig样结构域,其中N末端的结构域为IgC2-set,而靠近胞膜的C端结构域属于Ig I-set。
4.权利要求1所述,CD147胞外区序列来源于人。
5.权利要求1所述,CD147胞外区晶体中CD147胞外区包含序列SEQ IDNO:1,或其同系物、片段、变异体、类似物及其衍生物。
6.CD147胞外区与抗CD147抗体HAb18、整合素、配体及其它相互作用分子复合物的晶体。
7.如权利要求6,CD147胞外区与抗CD147抗体HAb18、整合素、配体及其它相互作用分子复合物的晶体中CD147胞外区符合权利要求1~5任意一项。
8.一种利用计算机分子模建对接测定CD147胞外区与抗CD147抗体HAb18接合的复合物,其具有以下特点:CD147胞外区与HAb18单抗对接模型中含有3条肽链、即CD147胞外区和HAb18VL、VH;6176个原子,形成6635个共价键;对接能量评估为:binding energy=101.21、dockingenergy=29.05、intermolecular energy=30.54、trosional energy=70.67、internal energy=-1.49。
9.测定如权利要求1~5所述的CD147胞外区晶体或如权利要求6所述的CD147胞外区与CD147分子配体复合物的晶体的三维空间结构,其中CD147胞外区为:(1)全长野生型CD147胞外区或突变体、片段、衍生物、变异体、类似物或同源物;或(2)野生型CD147胞外区的突变体、片段、衍生物、变异体、类似物或同源物。
10.如权利要求9所述,用(1)全长野生型CD147胞外区或突变体、片段、衍生物、变异体、类似物或同源物;或(2)野生型CD147胞外区的突变体、片段、衍生物、变异体、类似物或同源物的三维结构通过计算机模建方法或其它方法评估CD147胞外区的抗体、配体或相互作用分子与CD147胞外区结合的活性位点。
11.如权利要求10所述,CD147胞外区的活性位点位于该蛋白N端C2-set结构域远膜环区,参与表位的氨基酸残基为:Glu28、Thr30、Asp44、Ala45、Leu46、Pro47、Gly48、Lys50、Glu52。
12.鉴别能与CD147胞外区结合的物质的方法,包括用CD147晶体浸泡可能的小分子化合物并共结晶、以及采用测定分子间相互作用的方法,如Biacore,酵母双杂交,噬菌体肽库或抗体库筛选可能的配体或拮抗剂及通过计算机模建方法利用CD147晶体结构与可能的配体进行三维结构比对、设计、对接。
13.一种利用计算机辅助三维模建、分子对接技术选择及确定CD147胞外区抗体、配体及其它相互作用分子的方法,如下:(1)如权利要求9、10所述通过计算机三维模建CD147胞外区及可能性抗体、配体及其它作用分子的三维结构;(2)CD147胞外区三维结构和抗体、配体及其它相互作用分子三维结构的对接;(3)评估抗体、配体及其它作用分子的三维结构是否能与CD147胞外区活性位点的三维结构结合。
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