[发明专利]人乳头状瘤病毒基因分型检测试剂盒及其基因芯片制备方法

说明书

技术领域

本发明涉及一种具有与人乳头状瘤病毒HPV DNA互补的核苷酸序列的探针，和含有该探针的检测HPV具体亚型的基因分型检测试剂盒及其基因芯片制备方法。

背景技术

子宫颈癌是妇女最常见的恶性肿瘤之一。全世界每年约有50万新发子宫颈癌病例，亚洲约38万，中国约15万例，全世界每年约23万妇女死于宫颈癌，亚洲约19万，中国约8万。宫颈癌是女性第二大常见恶性肿瘤，特别是人乳头状瘤病毒感染导致当代子宫颈癌及癌前病变发生率日益增高并趋向年轻化，严重威胁着广大妇女的身心健康。所以预防、诊断和治疗宫颈癌对于广大的妇女来说，是一个亟待解决的问题。

从1995年的IARC专题讨论会上通过HPV感染是宫颈癌的主要原因，即HPV感染是宫颈癌发生的先决必要引发条件，到目前为止已鉴定出100多种的HPV基因亚型，约40种与肛门生殖道感染有关。根据在宫颈癌发生中的危险性不同，分为(高危)HR-HPV和(低危)LR-HPV两大类，高危型的HPV与宫颈癌的发生关系比较密切，而且不同HPV亚型的感染其致病性和后果也有差异。基于以上所述，检测出样本中的具体HPV亚型对于子宫颈癌的防治具有重要的指导意义。

早期对宫颈癌的筛查和诊断，主要是采用形态学的检查，包括巴氏图片(Pap smear)和液基细胞学(LCT、TCT)。感染HPV的宫颈上皮细胞可产生形态学的改变。但是无论怎样，这样的方法总会出现一种未确定意义的非典型鳞状上皮细胞(ASCUS)，常可掩盖一部分有意义的组织病理学异常而出现假阴性结果，需结合分子生物学技术检测HPV感染。

分子生物学包含几种常用的方法。核酸分子杂交，如Southern杂交、原位杂交等，方法比较灵敏，但操作烦琐，不适合临床操作。PCR检测方法操作虽然简单，但是由于其高灵敏性，容易导致非特异性扩增而出现假阳性。商业化杂交捕获(Hybrid CaptureII，HCII)试剂盒不用经过PCR扩增，通过特定的探针直接检测出临床样本中是否存在HPV病毒。但是该方法使用的探针是RNA，可能会影响试剂盒的稳定性。最为关键的是该方法只能检测出样本中是否有HPV病毒的感染，不能鉴定出具体的HPV病毒亚型，不利于临床跟踪检测和治疗。

而且，在市面上销售的基因试剂盒所采用的探针大多缺少中国人群常见亚型(53/66/CP8304)，涵盖的亚型少，并不适合国人的情况，往往容易造成检测的疏漏。因此，研制和开发一种适于中国人、简单、快速和准确的HPV分型检测方法显得尤为重要。

发明内容

本发明的目的是提供一种具有相近的Tm值、涵盖亚型多、更适合中国人的与人乳头状瘤病毒HPV DNA互补的核苷酸序列的探针。

本发明的主要目的是提供一种能简单、快速和准确检测HPV具体亚型的基因分型检测试剂盒及其基因芯片制备方法。

本发明的一种具有与人乳头状瘤病毒HPV DNA互补的核苷酸序列的探针，其中探针选自SEQ ID Nos：1-21和与SEQ ID Nos：1-21互补的序列，每一种探针的核苷酸排列顺序如下：

HPV6         5′-cataagaagataccttaggacttg-3′      (SEQ ID No.1)

HPV11        5′-acttagcagtaacgtctcagatgt-3′      (SEQ ID No.2)

HPV16        5′-ctatacaagtacgtcgtcgatatg-3′      (SEQ ID No.3)

HPV18        5′-gtatcactaagtactcgtcgaatg-3′      (SEQ ID No.4)

HPV31        5′-gacttcaatagtactagtcatcgg-3′      (SEQ ID No.5)

HPV33        5′-ctgatcatgaactacgtcatggat-3′      (SEQ ID No.6)

HPV35        5′-ctagtgtcatgacacgtatcatag-3′      (SEQ ID No.7)

HPV39        5′-cctaagtgtagacacgtatcagtt-3′      (SEQ ID No.8)

HPV42        5′-gctatcgtcatgaactatgctaga-3′      (SEQ ID No.9)